单细胞不同组别进行差异基因分析

大家做单细胞项目的时候，会涉及到多个组别，在分群之后想进行不同组别的差异基因分析，来查看不同处理对试验有什么影响。但生信小白只会流程化的分析，在对两组之间的单细胞进行差异分析时，经历了好多挫折，其实Seurat包中自带的Findmarker函数即可实现差异基因的分析。如下：

different_express_gene<- FindMarkers(seurat.obj,
group.by = "group",
logfc.threshold = 0.5,
test.use = "wilcox",
ident.1 = "test1",
ident.2 = "test2")
EnhancedVolcano (different_express_gene,
                lab=rownames(different_express_gene),
                x="avg_log2FC",
                y="p_val_adj",
                pCutoff=0.001,
                FCcutoff=0.5,
                pointSize=3.0,
                title="different_express_gene")

以上就是简单的差异基因分析并进行火山图展示，大家可以利用得到的差异基因进行后续的富集分析。