gff格式与gtf格式转换——NBISweden / AGAT

在上一篇文章中，介绍了利用gffread进行gff和gtf的格式转换，但是会丢失一些信息，比如UTR，因此这篇文章将介绍另一种方法，AGAT。
gff格式与gtf格式转换——gffread - 简书 (jianshu.com)

NBISweden / AGAT是一款可以处理gff/gtf文件中基因注释的工具，有能力检查、修复、填充任何类型的GTF和GFF的缺失信息，以创建完整的排序和标准化的gff3格式。

官网：
https://github.com/NBISweden/AGAT#update-agat

1.下载安装

依赖环境：

• R
• Perl >= 5.8
• Perl modules

1.1 方法一：Docker

# get the chosen AGAT container version
$ docker pull quay.io/biocontainers/agat:0.8.0--pl5262hdfd78af_0

1.2 方法二：Singularity

# get the chosen AGAT container version
$ singularity pull docker://quay.io/biocontainers/agat:0.8.0--pl5262hdfd78af_0 

1.3 方法三：Bioconda (我是用的这个方法）

创建新的虚拟环境：

$ conda create -p /your/path/AGAT_env

激活新环境：

$ conda activate /your/path/AGAT_env

安装依赖环境：

$ conda install perl-bioperl perl-clone perl-graph perl-lwp-simple perl-json perl-carp perl-sort-naturally perl-file-share perl-file-sharedir-install perl-moose

安装：

$ conda install -c bioconda agat

1.4 方法四：Clone

$ git clone https://github.com/NBISweden/AGAT.git
$ cd ~/AGAT
$ perl Makefile.PL 
$ make
$ make test 
$ make install

2. 主要功能

2.1 检查，修复，填充缺失的信息到排序和标准化的gff3中

$ cd ~/AGAT/bin
$ agat_convert_sp_gxf2gxf.pl -gff CE10g_v2.0.gff3 

3.2 格式转换

具体命令参加下表：

3.2.1 gff3转gtf

$ cd ~/AGAT/bin
$ agat_convert_sp_gff2gtf.pl -gff CE10g_v2.0.gff3 -o CE10g_v2.0.gtf

3.2.2 对比gffread和AGAT转出gft文件

gffread：可以看到UTR和gene都丢失了

AGAT：完整的信息

3.3 执行多种任务

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