2023-02-10捋一下做圈图和共线性图都需要什么格式的文件

看的教程太多了，有的可行有的不可行，故整理，新学了用visual studio写markdown文件，这样以后说明部分和代码部分可以分清。

一、做一个基因组文章中常见且必备的基因组圈图需要什么文件。

①染色体条数和染色体长度文件。

如果使用tbtools，就是txt格式的，两列，一列染色体名称，一列染色体长度（做法：使用TBtools中的FASTA Stats工具：Sequence Toolkit>>Fasta Tools>>Fasta Stats，使用Fasta Stats输出得到plant-chrlen.xls）。

如果是两个物种就把俩个物种的染色体名称做一下区别，接在同一个文件里即可。tbtools会把染色体放在里面一圈。如果染色体数量较多可能会看不清。如果是circos作图，也需要txt格式的染色体核型，格式如下。

chr - chr1 chr1 0 30427617 chr1

chr - chr2 chr2 0 19698289 chr2

chr - chr3 chr3 0 23459830 chr3

chr - chr4 chr4 0 18585056 chr4

chr - chr5 chr5 0 26975502 chr5

染色体 占位符 图显名称 染色体编号 起始长度 终止长度 染色体颜色

②GC含量文件

linux系统下操作：

#准备滑窗

cut -d ' ' -f 3,6 karyotype.txt | tr ' ' '\t' >genome.txt #获取基因组文件

bedtools makewindows -g genome.txt -w 100000 >genome.windows #以100kb为滑窗，沿染色体创建窗口

#每滑窗内的GC含量计算

bedtools nuc -fi your/genome.fa -bed genome.windows | cut -f 1-3,5 | sed '1d' > gc_rate.txt #按照滑窗统计GC含量

③基因密度文件。

TBtools中的FASTA Stats工具：Sequence Toolkit>Gff3/Gtf Manipulate>Gene Density Profile，输入选择你的gff3文件，输出txt文件。

二、做一个物种内共线性文件需要什么文件

全基因组序列、cds或pep序列、gff3/gtf序列三者缺一不可。

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