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#干货!# WashU genome browser hic数据

#干货!# WashU genome browser hic数据

作者: liu_ll | 来源:发表于2020-05-19 23:15 被阅读0次

    这个基因组浏览器:https://epigenomegateway.wustl.edu/ 爱了爱了!


    如何才能做出科研大佬们文章中的这种图呢?
    这个图是想看在anchor附近的是否存在CTCF 等ChIP-seq的信号富集情况:


    Hnisz D,et al. Science, 2016.

    其实还有一种,结合Hic的结果去看,其实hic的结果是可以直接导入这个浏览器中看的,但是因为网络原因,上传十分不给力。而且一不小心就会卡掉,需要重新加载数据(其实,只有非常小的概率才可以把一个很大的本地的.hic的文件上传,并且可视化)

    如果想通过这个基因组浏览器去看本地的hic数据有什么办法?
    这里介绍一个神器:
    https://user.cyverse.org/

    cyveser
    这个相当于一个文件的ftp中转站,可以上传数据(ChIP-seq , Hic数据)
    然后去washU 的基因组浏览器界面导入hic等数据,进行可视化

    第一步:注册用户


    点击图标 文件上传1 文件上传2
    文件上传3

    第二步:文件上传后,可视化
    生成URL:
    点击文件名后面的3个点:然后生成URL链接


    URL

    点击TRACK ---> Remote track------->粘贴链接,并且输入文件的格式,并且命名-------->submit


    done!
    可视化结果:
    此外,可以去加载encode 数据一起看,进行数据对比!
    如下图:
    ps:在最低下是我call 的loop 不是hic的文件


    结果

    Ref:
    1:Hnisz D, Weintraub A S, Day D S, et al. Activation of proto-oncogenes by disruption of chromosome neighborhoods[J]. Science, 2016, 351(6280): 1454-1458.
    2:http://wiki.wubrowse.org/Track_hosting

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