如何绘制两个通路中有哪些交叉基因？ggplot2

这种图又称cross-talk，实验室大老板叫我画的。画完还挺有满足感的，所以把代码整理下放出来。

输入矩阵

假设我们整理好这样的矩阵，第一列是FC值，第二列是基因名，第三列是基因所在的通路名，其中在两个通路中都有的基因用intersect表示。

library(ggplot2)
library(ggrepel)
temp<-test[which(test$X=="intersect"),]
library(Cairo)
CairoJPEG("crosstalk.jpeg",width=7200,height=4800,res=1200)
ggplot(test)+geom_point(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2.C1.,colour=factor(test$X)),size=5)+
  scale_x_discrete(limits=test$Symbol)+theme_bw()+theme(panel.grid = element_blank())+
  ylab("Fold change")+
  theme(axis.text.x=element_blank())+theme(axis.ticks.x = element_blank())+theme(axis.title.x = element_blank())+
  geom_text_repel(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2.C1.,label=ifelse(test$X=="intersect",test$Symbol,"")),
                  colour="darkred",size=3,box.padding = unit(0.35, "lines"),point.padding = unit(0.3, "lines"))+
  geom_point(data=temp,aes(x=temp$Symbol,y=temp$log2FoldChange),alpha=1,size=5.1,shape=1,stroke=1,color="black")+
  theme(axis.text.y=element_text(face="bold",color="black",size=15))+theme(axis.title.y=element_text(size=14))+theme(legend.title=element_blank())
dev.off()

看起来有点乱，于是我分图层整理了一下，方便大家查阅

输出高清图
CairoJPEG("crosstalk.jpeg",width=7200,height=4800,res=1200)
排列X轴顺序
scale_x_discrete(limits=test$Symbol)
背景为白色
theme_bw()
去掉网格线
theme(panel.grid = element_blank())
去掉X轴坐标
theme(axis.text.x=element_blank())
去掉X轴刻度尺
theme(axis.ticks.x = element_blank())
去掉X轴标题
theme(axis.title.x = element_blank())
在图上加基因名字（我只想给重叠的基因加，不然太乱了）
geom_text_repel(aes(x=test$Symbol,y=test$log2FoldChange.C2.C1.,label=ifelse(test$X=="intersect",test$Symbol,"")),
                  colour="darkred",size=3,box.padding = unit(0.35, "lines"),point.padding = unit(0.3, "lines"))
加上外面的黑圈（先做一个 只有intersect基因的数据框temp）
temp<-test[which(test$X=="intersect"),]
geom_point(data=temp,aes(x=temp$Symbol,y=temp$log2FoldChange),alpha=1,size=5.1,shape=1,stroke=1,color="black")