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转换表型后的方差组分的还原

转换表型后的方差组分的还原

作者: Hello育种 | 来源:发表于2023-03-05 05:11 被阅读0次

本篇是翻译Andres Legarra的博客。

数值分析的缩放(或者说标准化)特征和方差分量估计等去缩放(即还原)结果可能令人头疼。 这里给出如何进行的。

假设我们有一个非常大方差的特征(以升为单位的牛奶产量)和一个非常小的尺度(点)的其他特征。 我们想要缩放特征,以便算法在数值上稳定。 因此,对于单个记录,我们有3 个特征。

我们将记录的每一行 y 转换为一个带有比例因子 S 的矩阵预乘。例如, S 可以包含 1/10 的产奶量(假设这是第一个特征),其他性状的为 1。 或者S可以包含每个性状的表型标准偏差的倒数进行 缩放。 我们提供给 airemlf90 的缩放记录: ys
ys = Sy

我们计算: 缩放的方差,使得 Var(ys)=SVar(y)S'。 如果 y 的原始方差是,例如对于遗传成分,G0,则它们被缩放使得 Gs0 = SG0S'。 例如

1678050392616.png

则 缩放后:

image.png

第一列和第一行乘以 10,因此 [1,1] 元素乘以 100。

实际中,我们会估计得到Gs0

为了从 Gs0 的 REML 估计值转换回来,我们乘以 S 的倒数,即:

G0 =S−1 Gs0 (S′)−1
例如

image.png

这样,我们就得到了原始数据y的加性遗传方差

特性情况

在遗传相关性和遗传力的特殊情况下,它们对于转换是不变的。 这是因为它们在分子和分母中乘以相同的数字。

翻译来自: http://artadia.blogspot.com/2021/03/

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