免疫介导的炎症，与环境因素和遗传相关，细菌很可能扮演了抗原的角色。
溃疡型结肠炎：
从直肠起，逆型发展。因此多有里急后重。
细菌积聚在隐窝-隐窝脓肿-免疫攻击-出现溃疡（仅累积黏膜及黏膜下层）
免疫由中性粒细胞介导，意味着有大量中性粒细胞渗出，脓血便中的脓的来源。中性粒细胞炎症反应，导致出血，最终形成黏液脓血便。反复的黏膜破坏重建，出现因过度重建而产生的无蒂的炎性息肉。
因为有直肠刺激，里急后重，所以腹痛表现为：腹痛-便意-便后缓解。腹泻为大肠性腹泻，次数较多，易发生电解质紊乱。其症状可以反应严重程度
有肠外反应，多是因为肠腔与皮肤等来源于外胚层，有抗原交叉性，免疫攻击产生。
重要的并发症有中毒性巨结肠，任何使肠道运动减弱的因素都可诱发，白细胞增高，因为肠道大量积气体，结肠扩大，易穿孔。
因为黏膜反复破坏与再生，产生癌变几率较大。
出血，梗阻较克罗恩病少，穿孔多见于中毒性巨结肠。x线钡剂铅管装。
5-氨基水杨酸抗炎，急性发作期可用糖皮质激素。免疫抑制亦有效。
克罗恩病：
累积全层的肉芽肿炎，多累积末端回肠，跳跃式分布。有鹅卵石样改变。因为少有中性粒细胞渗出，所以无黏液脓血便。因为病变累积全层，因此容易形成瘘管或造成肠穿孔，也可造成肠腔狭窄，因此肠梗阻是其最常见的并发症。有纵行溃疡。
因为无中性粒渗出，因此少有重症，症状也不能反应严重程度。可有小肠性腹泻。
治疗同溃疡型结肠炎。
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