子学的自由发展也带来了经学的解放，与此相应和的是经学解经方式的解放，两汉经学盛行，今“古文经学”争论不休，今文经注重阐发经文之“微言大义”，主张经世致用；古文经尤重章句训诂，现实性稍弱。今文经发展后期，陷入僵化和烦琐，且与谶纬结合，流于妄诞，西汉后期见衰。古文经发展至极端，只见树木不见森林，对个别字词穿凿附会至千言，而全篇主旨不知所云。班固《艺文志》中说：“后世经传，既已乖离，博学者又不思多闻阅疑之义，而务碎义逃难，便辞巧说，破坏形体。说五字之文，至于二三万言，后迁弥以驰逐，故幼童而守一艺，白首而后能言。安其所习，毁所不见，终以自蔽，此学者之大患也。”可见，在学术思想方面，传统的汉儒理论已经陷入僵局，呼唤着更加自由通脱的解经方式，古文经学家马融、郑玄兼采今、古文之说已经初见端倪。
汉末，豪强争霸，大一统政治秩序崩溃，以谶纬神学为主的官方意识形态被打破，为士人自由而无拘束的学术氛围。战乱更导致典籍大量散失，汉儒繁琐的章句之学著作在战争中大量散失，这是一次文化灾难，但更是一次对传统典籍的清理与选择，而但经典本身仍通过记诵的方式得以保存，仍有现实价值的注疏作品得以传承。知识分子得以摆脱章句注解的影响，直面经典文本，阐发经意。魏晋之际的何晏、王弼汇通孔、老，为魏晋玄学思想之嚆矢，王弼在《周易略例·明象》一文中创造性地提出了“得意忘言”论，其实人们透过文字去把握经文主旨。 这种“六经注我”的方式极大地解放了人们的思想。皇侃的《论语义疏》序中提出《论语》一书：“皆夫子平生应机作教，事无常准”，强调了论语内容随机应变，隽永幽默的特点，同时也将孔子还原成为一个更具生活化老人，消解了汉儒蒙在经典之上的神秘成分。
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