CNV分析流程

作者: mayoneday | 来源:发表于2020-05-14 19:56 被阅读0次

CNV 拷贝数变异分析流程

一 .下载文件(略)

image.png

二 .注释基因

通过位点把基因位点注释为基因

三 .数据整理合并

把文件名变为样本名整合到一起
得到基因和拷贝数对应关系


image.png

四.癌症和正常人每个基因发生CNV的数量的差异

对比癌症和正常人基因发生CNV的不同,用卡方检验


image.png

五.差异情况可视化画圈图

用R画,一层一层
有可能太多,显示不出来,会自动挑选,也可以自己挑选

六,CNV和表达的相关性

image.png

1.提取差异基因的CNV情况
2.把差异基因的CNV和差异基因表达合并
3.进行CNV和表达量的相关性检验检验

七。得出CNV和表达相关性有关的基因,做GO和KEGG分析

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