CNV 拷贝数变异分析流程
一 .下载文件(略)
![](https://img.haomeiwen.com/i4350872/84f84bb924aebe1f.png)
二 .注释基因
通过位点把基因位点注释为基因
三 .数据整理合并
把文件名变为样本名整合到一起
得到基因和拷贝数对应关系
![](https://img.haomeiwen.com/i4350872/374d78d47941ae10.png)
四.癌症和正常人每个基因发生CNV的数量的差异
对比癌症和正常人基因发生CNV的不同,用卡方检验
![](https://img.haomeiwen.com/i4350872/5d6732710c236b30.png)
五.差异情况可视化画圈图
用R画,一层一层
有可能太多,显示不出来,会自动挑选,也可以自己挑选
六,CNV和表达的相关性
![](https://img.haomeiwen.com/i4350872/f1c43a3e395d4b4e.png)
1.提取差异基因的CNV情况
2.把差异基因的CNV和差异基因表达合并
3.进行CNV和表达量的相关性检验检验
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