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教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci

教你用科学杂志喜欢的配色作图——R包ggsci

作者: stanford_strive | 来源:发表于2019-05-20 20:39 被阅读0次

    ggsci是ggplot的主题包,它提供一系列高质量的调色板,其灵感来自于科学期刊、数据可视化库、科幻电影和电视节目中使用的颜色。ggsci中的调色板可以作为ggplot2 scales使用。

    所有调色板通用格式为:

    scale_color_palname()

    scale_fill_palname()

    使用的时候将palname替换为调色板的名称即可

    目前ggsci一共含有18中配色方案,具体目录如下:

    以点图和柱状图为例,展示部分调色板的颜色:

    首先画一个点图和柱状图:

    library("ggsci")

    library("ggplot2")

    library("gridExtra")

    data("diamonds")

    p1 =ggplot(subset(diamonds, carat >=2.2),aes(x = table, y = price, colour = cut)) + geom_point(alpha=0.7) + geom_smooth(method="loess", alpha =0.05, size =1, span =1) + theme_bw()

    p2 =ggplot(subset(diamonds, carat >2.2&depth >55&depth <70),aes(x = depth, fill = cut)) + geom_histogram(colour="black", binwidth =1, position ="dodge") + theme_bw()

    NPC调色板的灵感来源于NATURE

    p1_npg =p1+scale_color_npg()

    p2_npg =p2 +scale_fill_npg()

    grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol =2)

    AAAS 调色板的灵感来源于Science

     p1_aaas =p1 +scale_color_aaas()

    p2_aaas =p2 +scale_fill_aaas()

    grid.arrange(p1_aaas, p2_aaas, ncol =2)

    NEJM调色板的灵感来源于新英格兰医学杂志

    p1_nejm =p1 +scale_color_nejm()

    p2_nejm =p2 +scale_fill_nejm()

    grid.arrange(p1_nejm, p2_nejm, ncol =2)

    Lancet调色板的灵感来源于柳叶刀杂志

    p1_lancet =p1 +scale_color_lancet()

    p2_lancet =p2 +scale_fill_lancet()

    grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol =2)

    JAMA调色板的灵感来源于美国医学协会杂志

    p1_jama =p1 +scale_color_jama()

    p2_jama =p2 +scale_fill_jama()

    grid.arrange(p1_jama, p2_jama, ncol =2)

    其他调色板

    JCO调色板的灵感来源于临床肿瘤杂志。

    UCSCGB调色板的灵感来源于UCSC 基因组浏览器,用于表示染色体的颜色。

    D3调色板的灵感来源于D3.js使用的分类颜色。有四种调色板类型(category10、category20、category20b、category20c)。

    LocusZoom调色板的灵感来源于LocusZoom网站,其提供GWAS结果的快速可视化。

    IGV调色板来自整合基因组查看器用于表示染色体的颜色。

    UChicago调色板的灵感来源于芝加哥大学。

    StarTrek调色板的灵感来源于《星际迷航》。

    TronLegacy调色板的灵感来源于《创战记》,它适用于在使用暗主题时显示数据。

    Futurama调色板的灵感来源于电视《Futurama》。

    Rick and Morty调色板的灵感来源于电视《 Rick and Morty》。

    TheSimpsons调色板的灵感来源于电视《辛普森一家》。

    此外,对于非ggplot2的图,ggsci还提供把调色板的颜色单独提取成颜色代码。

    例如:从NPC调色板中提取9个颜色

    mypal =pal_npg("nrc", alpha =0.7)(9)

    mypal

    系统给出的NPC调色板中的9个颜色为:

    ## [1] "#E64B35B2" "#4DBBD5B2""#00A087B2" "#3C5488B2" "#F39B7FB2""#8491B4B2"

    ## [7] "#91D1C2B2" "#DC0000B2" "#7E6148B2"

    具体的颜色展示为:

    library("scales")

    show_col(mypal)

    资料来源:

    https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html#introduction

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