RNA-seq分析流程大比较

• HISAT2+StringTie+Ballgown

• Tophat2+cufflinks+cuffdiff

• HISAT2+featureCounts+DESeq2

• Tophat2+featureCounts+DESeq2

• subread+featureCounts+DESeq2

• subread+HTseq+DESeq2

• Tophat2+HTseq+DESeq2

  
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• 可以看出比对软件相同时候，HTseq 和 featureCounts 的差异基因结果差别很小。

• 比对软件不同时候，使用相同的reads call 软件，最后使用DESeq2得到的结果差别也很小

• 当使用三套不同的流程时候，cuffdiff 和 DESeq2得到的结果表现比较一致，Ballgown得到的结果差别最大。

折腾了好一阵子，以后还是老老实实用featureCounts + DESeq2吧 ！！