欢迎关注”生信修炼手册”!
MINT, 全称molecular interaction Database, 是一个蛋白质相互作用的数据库，该数据库中的蛋白相互作用都是由专家审核过的有实验证据支持的，目前该数据库涵盖了607个物种，共117001个蛋白相互作用关系。网址如下
https://mint.bio.uniroma2.it/
目前该数据库中的数据已经集成到intact这个数据库中去了，所以官网上只提供了下载功能，示意如下
既可以一次下载整个数据库中的所有内容，也可以只下载常见物种的数据。下载的文件格式称之MITAB格式，这种格式是\t分隔的纯文本文件，专门用来描述两个蛋白间的相互作用。
对于蛋白A和蛋白B, 如果二者存在相互作用，就说存在一个interaction, 而蛋白A和B称之为interactors, 在MITAB格式的文件中，除了记录interaction 之外，还记录了interactors的诸多属性。该文件列数很多，下面对前15列信息进行说明
1. column1
第一列记录的信息为Unique identifier for interactor A, 代表蛋白A的唯一标识符，在MINT数据库中，采用的是uniprot数据库中的蛋白编号，比如uniprotkb:Q4ZGA4
2. column2
第二列记录的信息为Unique identifier for interactor B, 和第一列的内容类似，用来记录蛋白B的唯一标识符
3. column3
第三列记录的信息为Alternative identifier for interactor A, 代表蛋白A的其他标识符，比如在intact数据库中的蛋白编号intact:EBI-9675545, 在MINT数据库中的蛋白编号intact:MINT-1525738, 或者是在uniprot数据库中的别名，比如uniprotkb:A0SDZ7, 多个标识符用|连接
4. column4
第四列记录的信息为Alternative identifier for interactor B，和第三列类似，用来记录蛋白B的其他标识符
5. column5
第五列记录的信息为Aliases for A, 代表其他数据库中的名字，格式为databaseName:name(alias type), 比如对应的基因名称uniprotkb:HBZ(gene name), 多个别名用|连接
6. column6
第六列记录的信息为Aliases for B, 和第五列类似，用来记录蛋白B的别名
7. column7
第七列记录的信息为Interaction detection methods，代表蛋白相互作用检测的方法，格式为databaseName:identifier(methodName)，比如psi-mi:”MI:0096”(pull down)
8. column8
第八列记录的信息为First author，代表记录该蛋白相互作用的文献的第一作者
9. column9
第九列记录的信息为Identifier of the publication，代表对应文献的标识符，比如pubmed:22458338
10. column10
第十列记录的信息为NCBI Taxonomy identifier for interactor A， 代表蛋白A对应物种的tax id,比如human为taxid:9606(human)|taxid:9606(Homo sapiens)
11. column11
第十一列记录的信息为NCBI Taxonomy identifier for interactor B，和第十列类似，用来记录蛋白B对应的物种
12. column12
第十二列记录的信息为Interaction types，代表相互作用的类型，格式为dataBaseName:identifier(interactionType)，比如psi-mi:"MI:0915"(physical association)
13. column13
第十三列记录的信息为Source databases，代表该相互作用来源的数据库，比如psi-mi:"MI:0471"(MINT)
14. column14
第十四列记录的信息为Interaction identifiers，代表相互作用的标识符，比如在intac数据库中的标识符intact:EBI-7355797, 在MINT数据库中的标识符mint:MINT-68665, 多个数据库中的标识符用|连接。
15. column15
第十五列记录的信息为Confidence score，代表相互作用结果的打分值，比如intact-miscore:0.52, 不同的实验证据其强度不同，通过打分值来衡量相互作用的可靠程度
除此之外，该文件中还可以包含很多其他列的信息，具体的解释可以参考以下链接
https://psicquic.github.io/MITAB28Format.html
蛋白质相互作用的研究是非常重要的，所以关于蛋白质相互作用的信息如何表示和存储，专门有团队研究和制订了特定的文件格式，并且规定了各种鉴定方法和相互作用类型对应的专有名词，详细信息见如下链接
https://www.ebi.ac.uk/ols/ontologies/mi
·end·
—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—
扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！
网友评论