【测序实验】如何查找illunima官方最新的测序标签index

一、主题：批量下载所有illunima官方试剂盒的测序标签index序列

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步骤：

二、登录illunima官网，下载Illumina Experiment Manager软件

软件介绍网址：https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/experiment_manager.html
下载软件：可以运行与win7，win10上。

Latest Updates：

Illumina Experiment Manager v1.14 10/02/2017

Illumina Experiment Manager Software Guide 09/30/2017

该软件最后更新时间为，2017年10月09号
该软件操作说明说最后更新时间为，2017年09月30

软件功能介绍：

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Illumina Experiment Manager是用于测序上机时，实验员设置样品拆分的samplesheet表格，并设置测序时分析的插件，分析参数。
设置完成后，将将samplesheet表格拷贝illunima测序仪器的对应存放文件夹。

建库试剂盒的测序标签index是用于区分各文库，在同一条lane上，不同文库的两端index确保不同。在测序接头上的8-12bp的标签，illunima官方的规格一般为8bp，单端i5 * i7 = 8 * 12 =96 个组合。且不同试剂盒的index标签不相同。
如果一个run的文库数量比较少，默认按建库试剂盒上推荐的组合上机，确保在同一个测序位置的ATCG各碱基比例平衡，否则报错。
如果一个run的文库数量比较多，可以按照标签的顺序，先用i7再用i5的排序组合，进行使用。

由于标签只存在建库试剂盒的操作说明书上，pdf复制时容易格式错误。而填写Illumina Experiment Manager只能导出samplesheet选择的index标签，不能批量导出试剂盒的所有标签。

导致
1，标签的管理、填写、检查十分不方便。
2，无法检测外来文库是否与现有文库标签重复（客户送文库前，请在送样单上，提供该文库的标签信息，接头信息，试剂盒信息）

批量导出illunima标签的方法

setp01：将Illumina Experiment Manager.exe右键解压成文件夹（不需要安装）

setp02：进入Illumina Experiment Manager\SamplePrepKits目录，列出了当前在市场的所有的Illunima标签试剂盒

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|-- Nextera\ Mate\ Pair.txt
|-- Nextera\ Rapid\ Capture\ Enrichment.txt
|-- Nextera.txt
|-- Nextera\ XT.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ A.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ B.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ C.txt
|-- Nextera\ XT\ v2\ Set\ D.txt
|-- Nextera\ XT\ v2.txt
|-- Small\ RNA.txt
|-- SureCell\ WTA\ 3\ Prime.txt
|-- Targeted\ RNA\ Expression.txt
|-- TruSeq\ Amplicon.txt
|-- TruSeq\ Bovine.txt
|-- TruSeqDna.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x3.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x6.txt
|-- TruSeq\ Exome\ 8x9.txt
|-- TruSeq\ Exome\ Kit\ 8x12.txt
|-- TruSeq\ HT.txt
|-- TruSeq\ LT.txt
|-- TruSeq\ Methyl\ Capture\ EPIC.txt
|-- TruSeq\ Rapid\ Exome.txt
|-- TruSeqStrandedMrna.txt
|-- TruSeq\ Synthetic\ Long-Read\ DNA.txt
|-- TruSight\ Enrichment.txt
|-- TruSight\ Tumor\ -\ 15\ Genes.txt
`-- TruSight\ Tumor.txt

step03：根据使用的试剂盒名称找到对应的文件，并使用前，确保是否与该试剂盒建库说明书上的标签序列是否一致。
如TruSight Tumor.txt试剂盒
[I7]
A701 ATCACGAC
A702 ACAGTGGT
A703 CAGATCCA
A704 ACAAACGG
A705 ACCCAGCA
A706 AACCCCTC
A707 CCCAACCT
A708 CACCACAC
A709 GAAACCCA
A710 TGTGACCA
A711 AGGGTCAA
A712 AGGAGTGG
[I5]
A501 TGAACCTT
A502 TGCTAAGT
A503 TGTTCTCT
A504 TAAGACAC
A505 CTAATCGA
A506 CTAGAACA
A507 TAAGTTCC
A508 TAGACCTA

step04:将序列放在excel表格中进行编辑使用