GWAS：plink进行meta分析

之前教程提到过Metal是可以做Meta分析，除了Metal，PLINK也可以进行Meta分析。
命令如下所示：

plink --meta-analysis gwas1.plink  gwas2.plink gwas3.plink + logscale qt --meta-analysis-snp-field SNP --meta-analysis-chr-field CHR --meta-analysis-bp-field BP --meta-analysis-a1-field A1 --meta-analysis-a2-field A2  --meta-analysis-se-field SE --out allqt
# logscale，指的是输入文件（比如gwas1.plink）的效应值是beta，而非OR；
# qt 指的是输出结果的效应值用beta展示（默认输出效应值用OR表示）；
# --meta-analysis-snp-field 指的是输入文件SNP列用SNP表示；

输入文件gwas1.plink文件如下所示：

Pasted image 20231126222211.png

输出结果如下所示：

Pasted image 20231126222351.png

其中，不同列所代表的意思如下：

CHR Chromosome code.
BP Base-pair coordinate.
SNP Variant identifier
A1 Allele 1.
A2 Allele 2.
N Number of valid studies for variant
P Fixed-effects meta-analysis p-value
P(R) Random-effects meta-analysis p-value
BETA'/'OR' Fixed-effects BETA/OR estimate
BETA(R)'/'OR(R)' Random-effects BETA/OR estimate (DerSimonian and Laird)
Q p-value for Cochran's Q statistic
I2 heterogeneity index (0-100 scale)

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致谢橙子牛奶糖（陈文燕），请用参考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

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