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在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载

在Mac 和windows上用 Aspera Connect下载

作者: Ray钱 | 来源:发表于2019-10-06 01:08 被阅读0次

    做生信分析在NCBI上下数据是第一步,不一定非要用linux下,装好sratools和Aspera Connect和都没问题。
    在这里NCBI SRA Toolkit找属于你版本的sratools吧。
    在这里Aspera Connect找属于你版本的的ascp客户端
    如果下载太慢,可以私信我,我给你网盘链接。

    用sratools的prefetch 命令是最快的。
    基本用法都是

    需要告诉prefetch,ascp的程序在哪里,私钥在哪里,要下的清单是什么,下好的文件放那里
    prefetch -t ascp -a "path/to/ascp|path/to/asperaweb_id_dsa.openssh"  --option-file /path/to/SRR_Acc_List.txt -O /path/to/opt
    

    例如,我的Windows系统,我的sratools,放在I盘 ,我直接用CMD,转到 prefetch所在的目录下

    #程序路径
    C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin\ascp 
    #私钥路径
    C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh
    #文件清单
    I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\sra\SRR_Acc_List.txt
    #储存位置
    I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\opt
    这样命令就如下:
    prefetch.exe -t ascp -a "C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin\ascp|C:\Users\Administrator\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\etc\asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\sra\SRR_Acc_List.txt -O I:\sratoolkit.2.9.4-2-win64\opt
    

    Mac下面也一样,安装的位置有一些差异。首先安装好sratools,和 Aspera Connect。

    #程序与私钥路径
    ~/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/ascp/Contents/Resources/
    #文件清单
    /path/to/SraAccList.txt 
    #储存位置
     /path/to/opt
    prefetch -t ascp -a "~/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/ascp/Contents/Resources/ascp|~/Applications/Aspera Connect.app/Contents/Resources/asperaweb_id_dsa.openssh" --option-file /path/to/SraAccList.txt -O  /path/to/opt
    

    另外,sratools近期升级,会导致以上命令失效,装 2.9.6吧。

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