在windows使用Aspera上传数据到NCBI

作者: JeremyL | 来源:发表于2020-05-29 11:08 被阅读0次

    #1 安装Aspera

    下载地址:https://downloads.asperasoft.com/connect2/
    NCBI首页也有提供下载:

    NCBI Aapera

    到了下面这个页面,一步一步操作:


    See the source image

    #2 使用Aspera上传数据

    ##2.1 上传数据时,NCBI上建议的命令行:

    ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:xxx
    

    ##2.2 ascp.exe

    在本地找到ascp.exe程序位置,我的位置:C:\Users\用户名\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin,找不到就搜索一下。

    进入ascp.exe所在位置:
    cd C:\Users\用户名\AppData\Local\Programs\Aspera\Aspera Connect\bin
    
    查看参数
    ascp -h
    Usage: ascp.exe [OPTION] SRC... DEST                                                            SRC to DEST, or multiple SRC to DEST dir                                                  SRC, DEST format: [[user@]host:]PATH 
    
    -h,--help                       Display usage
    -i PRIVATE-KEY-FILE             密钥 (id_rsa)
    -l MAX-RATE                     上传最大速度
    -d                              存放数据的文件夹
    

    ##2.3 修改命令:

    ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:xxx
    

    <path/to/key_file>: Aspera密钥(asperaweb_id_dsa.openssh)所在位置,asperaweb_id_dsa.openssh在Aspera\Aspera Connect\etc下,将这个文件复制到目录./Aspera下;现在路径为:C:\Users\用户名\AppData\Local\Programs\Aspera\asperaweb_id_dsa.openssh

    修改反斜杠:
    C:/Users/用户名/AppData/Local/Programs/Aspera/asperaweb_id_dsa.openssh
    <path/to/folder/containing files>: 存放测序数据的文件夹

    xxx: NCBI已经提供

    ##2.4 注意:

    • 文件路径斜杠改成反斜杠
    • 文件路径不能有空格,即文件名不能有空格
    • 文件路径不能有中文

    相关文章

      网友评论

        本文标题:在windows使用Aspera上传数据到NCBI

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/yjlxzhtx.html