在开篇，我觉得应该首先和同学们说一下如题所示的问题。我发现到目前为止，可用于基因功能注释的网站还是有很多的，但绝大多数网站所收录的植物物种实在太少而植物各物种差别又太大。举个例子，拟南芥是大多数功能注释网站都有的一个物种，但它是一个草本植物。假设我现在想要对木本植物进行基因功能注释且我的转录组就是取得木质部的相关地方，那么这个时候你在使用拟南芥进行功能注释就很有可能得到错误的结果，因为木本植物与草本植物在木质部发育方面是显著不同的。第二问题是，他们大多数是网站而且大多数是外国网站，这就涉及到网速问题以及效率问题了。同时，大多数网站的功能又较为单一，要么只能进行GO注释，要么只能做KEGG注释，要么能做注释无法作图，等等。。。所以，考虑到这些实际问题，决定做一款用于植物基因功能注释的软件以帮助大家解决在科研工作中的基因注释问题。
其次要介绍的是使用的基本逻辑。本软件主要是针对那些没有经过基因组测序的物种。因此，在对其序列进行功能注释时，首先需要解决的仍然是比对问题。在GAFP中，使用了最新比对程序diamond以大大提高比对的效率以及准确性，想要进一步了解的同学可以下载相关SCI文章。其次，比对以及之后的注释，都是需要同学们根据自身需要选择相应物种的。之后，可以对注释的结果进行简单的富集分析以及作图等工作。
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