Plink提取部分SNPs数据

一、提取某个染色体上的SNPs

plink --file data --chr 6

二、提取一个范围内的SNPs

（从一个rs到另一个rs，必须在同一条染色体上）

plink --bfile mydata --from rs273744 --to rs89883

另，根据染色体上的位置提取

plink --bfile mydata --chr 2 --from-kb 5000 --to-kb 10000

三、提取某个SNP上下20Kb的SNPs

plink --bfile mydata --snp rs652423 --window 20

四、同时提取多个范围的的SNPs及单个SNPs

(SNP名称或者范围内不能有空格）

plink --bfile mydata --snps rs273744-rs89883,rs12345-rs67890,rs999,rs222

五、提取指定的SNPs

5.1 把SNP名称整理成单列的mysnps.txt文件

e.g.
rs123
rs12345
rs123456

plink --file data --extract mysnps.txt

5.2把染色体、范围、基因名（这个可以随便写）整理成myrange.txt文件

e.g.【行名不要】
CHR BP1（起始位置） BP2 （终止位置） LABEL（基因名or随便写）
1 123 456 ABC
12 5465 3456 DFG

plink --file data --extract myrange.txt --range

输出plink格式时，后面都需要加上 --make-bed --out result