比对文件、samtools 统计、提取比对到的序列、合并

作者: dashan1928 | 来源:发表于2022-06-14 16:16 被阅读0次

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1.比对

magicblast -query myck-gi-1.fq1.gz -query_mate myck-gi-1.fq2.gz -db mussel_mito_genome/myga -infmt fastq -outfmt sam -num_threads 20 > myck-gi-1ga.sam

2.统计

samtools flagstat myck-gi-1co.sam

3.转换为bam

samtools view -bS myck-gi-1co.sam > myck-gi-1co.bam

4.提取（F 4 代表双端比对上的序列）

samtools view -b -h -F 4 myck-gi-1co.bam > myck-gi-1co.mapped.bam

samtools view -F 4 myck-gi-1.merged.bam | awk '{print $1}' >bammed.lis

get_selectedFastq.pl bammed.lis myck-gi-1.fq1.gz （提取筛选出来的.lis中的fastq文件）

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