导读

windows安装clustlasso遇到一些坑，试了多种安装方法，最后还是用最简单的install.packages安装成功，总结一下被尝试的方法们。

一、Install.packages安装

1 在线安装

最常用

更新包，library文件夹删除旧包（推荐），remove.packages()删除旧包
1 install.packages()
2 BioManager::install()
3 客户端安装

remove.packages('dplyr')  # 删除旧包
packageVersion('dplyr') # 版本查看
install.packages("vagen")  

2 本地安装

需提前下载解压源码包

# 默认路径
install.packages("./vegan-master", repos=NULL, type="source")
library("vegan")

# 指定路径
install.packages("./vegan-master", type = "source", repos = NULL, lib="/home/hutongyuan/software/Rpackages")
library("vagan", lib.loc="/home/hutongyuan/software/Rpackages")

二、BiocManager安装

需要预装BiocManager包

install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("phyloseq")

# 指定版本安装
BiocManager::install("phyloseq", version = "3.8")

三、devtools安装

需要预装rJava devtools包。
windows Java环境需要配置，基本思路是：
1 下载安装jdk
2 添加jdk路径到新建的系统变量
细节都在：rJava安装包时踩过的坑和应对策略

install.packages("devtools")
install.packages("rJava")
library(rJava)
library(devtools)
library(usethis)

# 本地安装
devtools::install_local("./vegan-master.zip")
#镜像选择all-- 1

# 在线安装
devtools::install_github("vegan")

require('devtools')
install_version('dplyr', version = '1.0.5') # devtools安装指定版本