Bowtie2 的安装

上个月通过了二综服务器的考试，前几天拿到服务器账号，开心的我这个小白呀，手抖的慌

想要开始ChIP-seq分析的学习，打开服务器账号发现账号里啥也木有，还要自己设置环境吗？小白我不会呀o(╥﹏╥)o WOC, 硬着头皮来吧

学习的步骤来自于这里：https://www.jianshu.com/p/0185fb3db956 大佬的文笔，记得关注

大佬说：要想浪，先安装

哗啦啦一堆需要安装的软件

装呗！好，Bowtie： http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

在服务器一顿乱输

wget http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

结果下载下来一个index.shtml文件，打开一堆乱码，nm，啥玩意儿

后来我搞明白了，要先在电脑上打开链接，找到想要的版本，下载，上传服务器，解压。后面安装我参考了https://www.jianshu.com/p/f84ffba2ec1e 又一个大佬，致敬。对了，我链接服务器用的 MobaXterm, 好用着呢。

打开上面的链接，右边的menu上点击Bowtie 1.2.3，下载需要的版本。

右边menu

我第一次下载的是bowtie-src-x86_64.zip，结果整了半天告诉我

Traceback (most recent call last):

  File "/public/home/lyao/bin/bowtie", line 112, in <module>

    main()

  File "/public/home/lyao/bin/bowtie", line 109, in main

    os.execv(bin_spec, bowtie_args)

OSError: [Errno 2] No such file or directory

感觉是程序内部缺东西欸，最后还是找到原因了，好像人家这个压缩包是软件源代码，需要自己再加工一哈，算了吧，我还是乖乖下载安装bowtie-1.2.3-linux-x86_64吧，菜，没办法。结果阴差阳错安成了bowtie2，这两个还不一样，据说bowtie适合50bp一下序列的比对，bowtie2适合50bp以上短序列的比对。不管怎样，俺会装了。

先是在home目录建立了一个bin目录，（为此我还去查了Linux系统的必备目录，见此链接https://www.cnblogs.com/xushuhai/p/9468547.html 但是好像在个人账户中好像不是所有的都必须，就temp 和bin有点用）cd到bin 目录下通过如下代码实现建立bowtie2的软链接

ln -s /public/home/lyao/biosoft/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64/bowtie2

ln -s /public/home/lyao/biosoft/bowtie2-2.3.5.1-linux-x86_64/bowtie2-build

貌似只需要这两个程序即可。然后再将bin目录添加到我的环境变量中。

vim ~/.bashrc # vim打开home目录下的隐藏文件.bashrc

键入 i 进入INSERT模式，输入

export PATH="$PATH:/public/home/lyao/bin/:$PATH"

然后键入 Esc 进入编辑模式，再键入Shift+: 进入命令模式，输入字母 x ,点回车键保存并退出

我目前的环境变量

哦，别忘了更新.bashrc文件

source ~/.bashrc

当然，后来我还是装了bowtie的，一样的套路

此外，在询问了润泽大佬之后，我有加入了下面的环境变量

export PATH="$PATH:/usr/bin/:$PATH"

这个直接连接整个服务器预先装好的数据处理与分析工具，也就是说让我可以使用服务器上工具了，不用一个个自己装了！怎一个爽字了得！

现在想想，我还可以用别人账户里面的已经安装了的软件建个软链接嘛，嘿嘿，找时间试试