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傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

作者: 天涯清水 | 来源:发表于2019-05-30 10:24 被阅读0次

    傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

    为了一件小事也不得不写程序时,你是否会觉得心里很烦?本栏目旨在分享生物信息分析中的一些小技巧,纯傻瓜式操作,助你事半功倍,心情倍儿爽。

    想要提取拟南芥1号染色体,正义链6666-8888位置的序列?你只需要三步。

    第一步,在NCBI上Nucleotide条目下搜索到拟南芥1号染色体,点开进入下一步。

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    第二步,在右边的Change region shown中,选择Selected region并输入66668888,点击Update View进入下一步。

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    第三步,点击左边的GenBank,把格式改成FASTA,大功告成。

    image image image

    想要提取反义链怎么办?只需再加一步,在右边的Customize view中,勾选Show reverse complement,点击Update View

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    小编经常提取,提取指定位置的基因组序列,都是先找到序列所在的染色体,再从染色体上相关的基因,然后再去定位序列的位置,在手工筛选。本文总结的比较好,转载学习下!(转自:生信宝典)其他的小技巧博文链接我也转载过来!

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