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生信log3|Biostar生信学习小记|Taxonkit踩坑记

生信log3|Biostar生信学习小记|Taxonkit踩坑记

作者: 小周的万用胶囊 | 来源:发表于2020-05-03 21:59 被阅读0次

    平台:MacOS,系统:Catalina

    初次使用刚装上开箱后就用

    conda install -c bioconda taxonkit
    cat taxids.txt|taxonkit lineage
    
    tumblr_oiskin6ocR1tapoh0o1_1280.jpg

    结果出现了上图的报错,查找了官网发现,原来还需提前额外再装一个taxdump.tar.gz包并解压缩包后面的内容放到"$HOME/.taxonkit"才能开始用。

    另:Home/.taxonkit 这个是隐藏文件的文件夹是需要自己提前创建的,并把taxdum.tar.gz压缩包的文件复制到隐藏文件夹中,linux上的默认位置是$Home/.taxonkit,Mac是 /Users/Your_name/.taxonkit。

    #创建隐藏文件夹
    mkdir .taxonkit
    ls -la #这个命令查看隐藏的文件和文件夹
    

    参考:

    https://bioinf.shenwei.me/taxonkit/usagebioinf.shenwei.me
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