前言背景
前段时间重装系统
Anaconda全没了，重装了之后就没咋管过，直到最近要用到Roary，conda config中只有defaults这个源。
Roary是一个由perl语言编写的，主要用于抽取统计核心基因泛基因的生物信息学软件，。
下面出现的大坑都是跟Perl里面的模块有关
坑
大坑之一
坑一关键词：找不到Roary.pm等等
这时候我重装再重装之后发现，它居然给我装的是Roary 3.7.0 最老的版本
大坑之二
-
网上提供的解决办法（也是坑之一）:
sudo cpan install Bio::Roary -
这个解决的并不是去更换/anaconda3/envs/roary/bin/perl而是直接就在/usr/bin/下直接安装个Roary（晕），比较好就是可以不用conda安装，缺点就是还得配合brew使用，因为还有一堆依赖包还没安装。要卸载还得额外安装个cpanp模块去卸载，因为 cpan只管安装不管卸载（😊）。
解决办法（分步确认）
- 第一 添加上默认源，这样就会默认安装最新版本的Roary了
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
最新版本的Roary安装包
- 第二，看看到底用的是电脑中的哪个perl，是conda 虚拟环境下的perl呢，还是 /usr/bin/ 下的perl呢
which perl
usr/bin/perl
conda envs perl
若是在/usr/bin/下那就重启目录
第三：Roary已安装最新版本后，再运行会有这样的
真的装好之后的
法一 ：不改源代码的情况下
enc2xs -C
执行之后它会在anaconda的envs环境下创建ConfigLocal.pm这样一个文件
enc2xs -C 结果
法二：打开说的那个文件看看61行到底写了啥
Encode.pm
查了一下，说Encode::ConfigLocal这个不是很重要，那就把那行注释掉
最后结果
风扇呼啦啦地转，文件夹下有输出文件这就说明成功了
终端运行
当前目录下roary输出的文件
总结安装免踩坑总结
- 确认自己的conda源有哪些
- 记得创建
Roary专属虚拟环境 - 确认平台是否安装的是最新的版本的Roary
- 基本Roary出错都是perl模块或者版本的问题，看终端用的是哪个Perl版本
*最后就是看看少什么文件，重要的就下载，可以忽略的就把某行代码给注释掉
最后Roary的基本使用（测试用）
PS： Roary若不指定输出文件，默认输出到当前目录下。
roary -e --mafft -p 8 -f output_dir *.gff
- -e : create a multiFASTA alignment of core genes using PRANK（生成多序列比对文件）
- --f：指定输出文件地址
- --p：设置线程数
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