转录组数据下载

作者: 路人里的路人 | 来源:发表于2023-04-24 23:27 被阅读0次

本系列所有数据均来源于论文：Transcriptome analysis of an apple (Malus × domestica) yellow fruit somatic mutation identifies a gene network module highly associated with anthocyanin and epigenetic regulation

直接从SRA官网下载

1.官网地址：Home - SRA - NCBI (nih.gov)
2.下载步骤：搜索框中键入SRP号 $\Rightarrow$ search $\Rightarrow$ 选中需要下载的数据 $\Rightarrow$ send to Run Selector $\Rightarrow$ GO $\Rightarrow$ 进入详细界面复制其中的SRR号 $\Rightarrow$ prefetch SRRXXXXX(前提是需要服务器上安装了sratools这个软件并添加到环境变量， $\Rightarrow$ 通过prefetch.sh这个shell脚本批量下载，具体代码如下

#!/bin/bash

# 输入要下载的 SRA 数据的 Accession 号，多个 Accession 号以空格分隔
SRA_ACCS="SRR2176358 SRR2176359 SRR2176360 SRR2176361 SRR2176362 SRR2176363 SRR2176364 SRR2176365 SRR2176366 SRR2176367 SRR2176368 SRR2176369 SRR2176370 SRR2176371 SRR2176372 SRR2176373 SRR2176374 SRR2176375 SRR2176376 SRR2176377 SRR2176378 SRR2176379 SRR2176380 SRR2176381"

# 循环遍历每个 Accession 号
for ACC in $SRA_ACCS; do
    # 使用 prefetch 下载 SRA 数据
    prefetch $ACC
    
    # 使用 fastq-dump 将 SRA 数据转换为 FastQ 文件
    fastq-dump --split-files $ACC
    
    # 可选：如果需要将下载的文件保存到指定文件夹中，可以添加以下命令
     mv ${ACC}_1.fastq /home/monkeyflower/xiaodeng/transcripotom/outputdir
    
    # 输出下载完成的提示信息
    echo "Download and conversion of $ACC completed."
done

sh prefetch.sh

使用SRA-Exploer下载

1.SRA-Exploer官网：SRA Explorer (sra-explorer.info)
2.下载步骤：进入官网 $\Rightarrow$ 搜索框中键入SRP号 $\Rightarrow$ search $\Rightarrow$ 选中需要下载的数据 $\Rightarrow$ Add to x collection $\Rightarrow$ x saved datasets $\Rightarrow$ FastQ Downloads,点开其中的Raw FastQ Download URLs，会弹出ftp链接，复制链接 $\Rightarrow$ 在服务器中使用wget命令下载刚复制的ftp链接（如wget ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR217/008/SRR2176358/SRR2176358.fastq.gz） $\Rightarrow$ 该方法下载速度很慢，不推荐

使用ibm-aspeara+SRA-Exploer下载

1.SRA-Exploer官网：SRA Explorer (sra-explorer.info)
2.安装与配置ibm-aspeara（服务器中进行）

wget http://ftp.genek.cn:8888/jxjzjm_20200310/ibm-aspera-connect-3.9.8.176272-linux-g2.12-64.tar.gz
#下载ibm-aspeara的安装命令
tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.9.8.176272-linux-g2.12-64.tar.gz
#解压，会生成一个.sh文件，这是一个安装ibm-aspera的bash文件
bash ibm-aspera-connect-3.9.8.176272-linux-g2.12-64.sh
#运行bash文件，执行安装操作
export PATH=/home/monkeyflower/.aspera/connect/bin/:$PATH
#将ibm-aspeara加入环境变量，可随时调用

3.下载步骤：进入官网 $\Rightarrow$ 搜索框中键入SRP号 $\Rightarrow$ search $\Rightarrow$ 选中需要下载的数据 $\Rightarrow$ Add to x collection $\Rightarrow$ x saved datasets $\Rightarrow$ FastQ Downloads,点开其中的Aspera commands for downloading FastQ files，会弹出ibm-aspeara下载的代码 $\Rightarrow$ 复制代码，进入服务器粘贴即可开始下载

网友评论

本文标题：转录组数据下载

本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/gkhpjdtx.html

延伸阅读

深度阅读

您也可以注册成为美文阅读网的作者，发表您的原创作品、分享您的心情！