组装

作者: tobebettergirl | 来源:发表于2018-10-16 23:50 被阅读20次
名词解释

Graph:将小片段的基因序列进行连接,形成一个非常大的图。


构建Graph的方法:
  • OCL(overlap Layout Consensus)
算法
  • reads 两两比对,找到序列相连的path
  • reads比对上path,
  • 将reads比对上path,根据权重对碱基进行calling

软件:Newbler,Celera Assemble

  • de Bruijn Graph

nodes的Kmer序列

  • String Graph
    GCE:基因组评估软件

基因组组装的软件
  • Newbler
  • IDBA
  • SOAPdenovo

较大基因组组装

  • ALLPATHS-LG
  • MaSuRCA

细菌基因组

  • DBG2OLC

对二代和三代数据混合组装

  • HGAP

纯ParBio数据

  • Canu

支持ParBio和Nanopore,输出的文件out.contigs.fasta

  • FALCON

Falcon最关键的步骤在于fc_run.cfg配置文件

image.png

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