名词解释
Graph:将小片段的基因序列进行连接,形成一个非常大的图。
构建Graph的方法:
- OCL(overlap Layout Consensus)
算法
- reads 两两比对,找到序列相连的path
- reads比对上path,
- 将reads比对上path,根据权重对碱基进行calling
软件:Newbler
,Celera Assemble
- de Bruijn Graph
nodes的Kmer序列
-
String Graph
GCE:基因组评估软件
基因组组装的软件
- Newbler
- IDBA
- SOAPdenovo
较大基因组组装
- ALLPATHS-LG
- MaSuRCA
细菌基因组
- DBG2OLC
对二代和三代数据混合组装
- HGAP
纯ParBio数据
- Canu
支持ParBio和Nanopore,输出的文件out.contigs.fasta
- FALCON
image.pngFalcon最关键的步骤在于fc_run.cfg配置文件
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