佛教在明代，受到理学的围剿，衰微已极。世宗毁佛后，反激起自强之心。但义理不传已久，资料散失，无从学习。清顺治及雍正参禅有得，宏护佛教；虽有起色，诸宗并起，不过是前之余蕴。
净土宗先有云栖（杭）莲池，宗华严，以华严教义说净土；清乾隆时，省庵实贤则宗天台而宏净土。天台宗方面，前有幽溪传灯，后有灵峰蕅益。蕅益所学不限一家，但于天台特有心得。
贤首宗则明末有金陵雪浪，清康熙有柏亭续法。律宗，明末古心律师复兴金陵古林，传宝华山三昧光（卒于顺治十年）、见月体（卒于康熙十八年）。他们竭力振兴律宗，所创传戒新制，延续至今。
禅宗方面，临济下有密云圆悟、罄山圆修，行于江浙。密云法嗣破山明，宏化西蜀。又密云法嗣汉月法藏（常熟虞山），出“三峰派”；有灵隐弘礼、灵岩弘储继席。在顺治、康熙间大阐宗风，门人广布湘、赣。
三峰派不以“密云一棒”为满足，融入儒、道之说，在江南非常盛行。雍正特别作《拣魔辨异录》，逐条破斥其说；并将《五宗原》、《五宗救》毁板。站在特殊立场，毁三峰派语录，夺三峰派门庭，这也是前所罕见的禅宗大事。
明末清初佛教，以禅宗为骨，与北宋的隐为二流不同。台、贤、律、净学者，多曾参究于禅；而禅者，如鼓山道霈出入台、贤，紫柏刻藏，憨山重《起信》、《法华》，实已成禅教一致之势。
之前的贤首助禅，净、律助天台。如今宝华律匠取华严教义；遍融、莲池之念佛，宗于贤首。蕅益说：“禅为佛心，教为佛语，律为佛行”，当时佛教已进为诸宗融合。不仅诸宗融合于内，蕅益、憨山更以佛教教义释孔、孟、老、庄，终成三教调和之论调。
在政治上，清朝对于佛教的管理几乎完全承袭明代。仿照前朝僧官制度，在北京设立“僧录司”；所有僧官都经礼部考选、吏部委任。各州府县僧官，则由各省布政司遴选，报送礼部受职。所有僧官的职别名称，都和明代无异。
顺治二年（1645）禁止京城内外擅造寺庙佛像，造寺须经礼部允许，已有寺庙佛像同样不许私自拆毁。也不许私度僧尼，对僧道一律官给度牒。自乾隆四年（1739）以后，随着人口的增加，私度僧尼人数也有上升，一时难于查补给牒。
所以从乾隆十九年（1754）起，通令取消官给度牒制度，此项政令一直延续到清末。其后私度僧尼人数直线攀升，至清末时全国僧尼约有八十万人（太虚《整理僧伽制度论》）。清代佛教脱离义理，又在制度上废度牒制，使僧制大滥。
此外，清朝对于西藏地区的政教事务非常重视。清朝统治者最初接触到的佛教，是我国西藏地区所传的喇嘛教。在十七世纪初，已有喇嘛到关外传教，曾受到清太祖的礼遇。太宗时，盛京（沈阳）方面已和当时西藏的五世达赖喇嘛建立关系。
世祖顺治九年（1652）五世达赖应请入京，受清朝册封。雍正六年（1728）设驻藏大臣，管理西藏政务。乾隆五十八年（1793）制定章程二十九条（即《钦定章程》），确定了西藏地区政教合一之制度，所有西藏地区寺庙和喇嘛都受清政府理蕃院管理。
清皇室是满族，管理汉文化地区，又需要与蒙、藏、疆等民族交流，国内文字互译成为要务。康熙二十二年（1683）命刊藏语藏经甘珠尔（乾隆初略有修补），雍正二年（1724）又刊丹珠尔，即今北京版《西藏大藏经》。
雍正初年北京黄寺土观呼图克图第一世奉命，将藏语藏经甘珠尔部分译为蒙语；又乾隆六年到十四年译成蒙语丹珠尔全部。乾隆三十八年至五十五年又译藏语大藏为满语。全藏共一百零八函，六百九十九部，二千四百六十六卷。经版于1900年毁于八国联军之手。
乾隆七年（1742）工布查布将部分藏语佛典译成汉文，有《造像量度经》、《造像量度经解》、附撰《造像量度经引》及《续补》各一卷；《弥勒菩萨发愿王偈》、《药师七佛供养仪轨如意王经》各一卷。
稍后阿旺札什继译《修药师仪轨布坛法》、《白救度佛母赞》各一卷；嘎卜楚萨木丹达尔吉译《极乐愿文》一卷、萨穆丹达尔吉译《释迦佛赞》一卷。
在顺治、康熙年间，民间各地所刻僧传、语录等，都集中于嘉兴楞严寺。当时发行的有《续藏经》九十函，二百三十七部，《又续藏经》四十三函，一百八十九部，都是清初所刻而附于明版《嘉兴藏》的典籍。
清代官版藏经刊行，始于世宗时代。雍正十一年（1733），特开藏经馆，延请博通教义的僧人，于北京贤良寺校阅编稿。正式开刊始于雍正十三年二月，至乾隆三年（1738）十二月完成，前后历时四年，称为《龙藏》。
内容系据明刻《北藏》本而增入义疏及禅宗语录等，凡七百二十四函，一千六百七十部，七千二百四十卷；嗣于乾隆中，撤去其中五种七十三卷。和硕庄亲王允禄为总理，参加监造、校阅的人员共七十余人。版本形式为梵夹本，名山大刹多请置。全部经版，现存北京柏林寺。
清代自道光后，国势衰落，佛教随之不振。佛教徒反思败落之因，纷纷致力于经典的校刻与流通工作。先是郑学川（妙空），于同治五年（1866）在扬州成立江北刻经处。后又在苏州、常熟、杭州、如皋，创立四个刻经处，前后十五年间，所刊佛经近三千卷。
杨仁山，早先对郑学川在扬州的刻经事业极力护持，募财相助。光绪四年（1878）他随曾纪泽出国，在伦敦认识南条文雄。知道我国唐宋间散佚的佛典章疏，（尤其唯识典籍，）基本在日都有留存。归国后，即托南条搜购古逸经论撰述二百余种。
杨仁山后在南京创立金陵刻经处，校刊佛典；前后刻成经典三千余卷，并图像多种。清末宣统元年（1909），金山宗仰得罗迦陵助，与黎端甫、汪德渊等在上海，依日本弘教书院《缩刷大藏经》，加以校对；由频伽精舍刊行，号《频伽大藏经》。
作为清朝统治阶级核心和支柱的满族贵族集团，在长期与明朝中央政府打交道的过程中，渐渐懂得利用宗教的重要性。因此早在关外，他们就有崇佛活动。在有清一代，佛教作为统治阶级思想统治和精神统治的支柱之一，受到前期统治者的支持和保护。
自然同时也受到一定程度的限制和束缚。在统治者的竭力提倡下，佛教中一些名僧和禅者自觉地使佛教与儒道二教合流，让日渐衰微的佛教能够苟延残喘下去。不过，总的而言，佛教在明清两代的衰颓之势，却是无法挽回的。
由于外国资本主义入侵及清末财政困窘等因素，兴起了以寺庙财产充作新式学堂运营资金的政策。西元1898年，即有两广总督张之洞，主张以国学为体、西学为用，建议皇帝利用寺院及道场建筑和土地，以实施新教育，挽救颓势。
此后，“庙产兴学”持续困扰佛教界，如1912年公布的“寺庙管理暂行规则”；1915年的“管理寺庙条令”；1921年，北京政府以查旧案与管理寺庙条令相牴触为词，命令取消“中华佛教会”。
全国佛教陷入无组织状态，各省县寺庙财产任由各地官吏与土豪劣绅侵吞。又1930年，政府颁行“监督寺庙条例”；中央大学邰爽秋等教授所提没收寺产以充作教育基金的议案，也在全国教育大会中获得通过。
佛教历经太平天国之乱，已然衰颓不堪；至庙产兴学风潮，更是雪上加霜。当时迫害佛教的不再是某个单一阶级（如三武一宗），或利益集团。而是整个社会，全都不约而同针对佛教，尤其寺院财产，使得佛教面临前所未有最大危机。
幸有佛弟子们起而护法，如章炳麟，发表《告佛弟子书》及《告白衣书》，燃起青年佛子护教的热忱。又有陈樨庵、周叔迦等以金陵刻经处与祇洹精舍等处为中心，刊行佛经；以及倓虚、谛闲、太虚、月霞、东初、欧阳渐、吕瀓等兴校办学，为佛教现代复兴培育人才。
中国僧侣教育，以太虚所创闽南、武昌佛学院并汉藏教理院最具代表性。还有以居士为主体的佛学组织，有北平三时学会、海净业社、上海佛教居士林等。与杨仁山门下欧阳渐之南京支那内学院一并，皆颇负盛名。或是深研教理，或是培养人才，贡献卓越。
这一切带来中国佛教复兴的契机，不仅使佛教教义的阐扬与研究较清代进步，也使佛教各宗逐渐抬头。尤其唯识典籍复传，开启法相研究之风，带动了义学的发展。行法方面，禅净双修成为主流；并有水陆法会及各种经忏迅速发展，成为事业，延续至今。
民初以来，终结帝制的新社会，在政治、思想、文化上，发生急剧转变。先有康有为等，倡以儒教为国教。此后以打倒所有旧文化作为促进中国进化的步骤。
1919年“五四运动”对儒、佛、道教和民间类似宗教，以及其他旧文化的批判达到最高潮，酿成反宗教运动。1928年新启蒙运动，又将行之于寺院、道观及一般庶民之间的宗教行事视作迷信，而加废止。
面对威胁寺院存在的庙产兴学运动，佛教界被迫团结起来抗争。1911年，天童寺敬安（八指头陀）等人创设“中华佛教总会”，初步提出了保护寺产、振兴佛教的口号。
后将太虚、仁山二人成立未久的“佛教协进会”并入佛教总会，以期群策群力维护佛教，于是该会成为全国佛教社团的最高组织。后更名为“中国佛教学会”，由太虚任理事长。1929年更名为“中国佛教会”，圆瑛为理事长。
1912年，太虚与仁山首倡组织“佛教协进会”，后提议改金山寺为佛教大学，未获成功。1913年，在追悼寄禅的大会上，太虚提出教理、教制、教产三大革命。主要针对当时丛林寺院的法派、子孙派，因之阻碍了佛教的进步，所提出的改革主张。
1915年，太虚著《整理僧伽制度论》，以期建立新僧团制度。1929年，更着手组织“世界佛学院”，以建立人生佛教，促使佛教世界化。他造就培养的僧材甚多，有法舫、法尊、芝峰、印顺、大醒、大勇等。
“九一八事变”后，太虚号召佛弟子群起救国，全国佛教僧青年齐力响应，可说是中国佛教由旧趋新的一个转捩点。惟经十四年抗日（1931～1945），青年僧侣在爱国热血的驱使下，投入抗战行列。
1937年，成立“上海僧侣救护队”；1939年，缅甸人民因日本唆使而反对开放滇缅公路之风潮，因“佛教问团”赴缅甸等各国访问，得以平息；1940年，组“陪都僧侣救护队”，实地从事重庆地方救护灾胞工作，直到日本投降。同年，组“中国佛教国际宣传队”，赴缅甸宣扬我抗战国策。
1949年后，中华民族进入新时代；改革开放，文化事业迎来新春天。但我国佛教已衰落了七、八百年，真是百废待兴。目前遇到的问题是：佛教义学不兴，人员水准不一，正信佛教教义尚未普及于社会。
此外，汉传佛教封闭已久，如今再与各传佛教接触时，发现大不合拍。由于部派教义及衣食等琐事的差异，在南传佛教界看来，似乎并不承认我国出家人之戒格。此外，日本寺院的家族经营，西藏喇嘛的带妻食肉，在我国佛教界看来也是怪怪的！
佛陀时代，僧人是游行的；传入我国后，为了适应此地，在思想上、形象上，随方异俗演化。后因禅宗独大，丛林制成为汉传佛法主流。其中的传法习惯，颇受宗法制影响，直接导致子孙制产生。
现代的佛教界，有的是事业心，缺少古代求法（不是求学）与真参实学的精神。不要说以佛法为中心，以宗派为中心的也没有了，付法接法，只是形式一番。专精念佛的，不接触教义教理，也只是悲观主义曲线救世的移民论调。
律师，本来难得，如今也只是注重过午不食、上厕所换鞋子、提倡每天披一次三衣等；律制的根本大义，似乎很少听说。缺少了佛法的实质，表面兴盛，也只是无根之萍罢了。包括佛教事业发达，世俗佛学兴起，也是如今的一大特征。
唐末五代，佛教受到政策及战乱影响，势力大减。八宗之中，除不尚经籍的禅宗和专倡念佛的净土得以泡沫发展外，其余各宗均一蹶不振。此后千年，佛教再无特色，义理消失并被迫与儒道相融。虽有个别高僧因受贵族推崇而声名显赫，虽有名寺大殿在国家资助下修缮一新，但佛教本身却是大不如昔了。
说到底，佛教之所以为佛教，还是要发见其不同于其他宗教的特色。在义理对比中，充分在群众中普及。这样才能真正使佛教在新时代、新形式下，重新找到土壤。发挥出真正有益于人心人性的宗教真实作用，为了中华民族的伟大复兴添砖加瓦。
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