参考资料
https://girke.bioinformatics.ucr.edu/GEN242/mydoc_Rgraphics_7.html
这个链接还有好几份其他教程,包括 RNAseq分析流程 和 全基因组重测序变异检测流程 等,大体看了一眼,他的流程全都是在R里面操作的。抽时间重复。
这篇文章记录使用R语言的 ggbio 这个包可视化gff3格式的基因组注释文件
我用到的文件是NCBI下载的拟南芥注释文件,为了减小计算压力,我只用到了gff文件的前119行,两个基因。
首先是读入gff文件
用到的函数是 GenomicFeatures R包中的 makeTxDbFromGFF()函数
library(GenomicFeatures)
txdb<-makeTxDbFromGFF(file="practice.gff",format="gff3")
可视化
用到的 ggbio 这个包中的 autoplot()这个函数
library(ggbio)
autoplot(txdb,
which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
names.expr = "gene_id")+
theme_bw()
结果

可以通过fill参数设置不同的颜色
autoplot(txdb,
which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
names.expr = "gene_id",fill="red")+
theme_bw()

不同的基因填充不同的颜色
autoplot(txdb,
which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
names.expr = "gene_id",aes(fill=gene_id))+
theme_bw()

现在还不知道如何给同一个基因不同的部分(utr,exon,intron)等填充不同的颜色
还有就是 makeTxDbFromGFF() 函数读入的数据存储格式还没搞懂
开头提到的参考资料里有一幅图将 reads数量, 覆盖度的折线图,vcf文件的结果,gff可视化的结果画到了一起,做基因组重测序分析应该会用得到。这里暂时不重复了。等用到的时候再说。

今天就到这里了,抽时间看看下autoplot()这个函数的帮助文档
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
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