R语言可视化展示gff3格式基因组注释文件简单小例子

参考资料

https://girke.bioinformatics.ucr.edu/GEN242/mydoc_Rgraphics_7.html

这个链接还有好几份其他教程，包括 RNAseq分析流程 和 全基因组重测序变异检测流程 等，大体看了一眼，他的流程全都是在R里面操作的。抽时间重复。

这篇文章记录使用R语言的 ggbio 这个包可视化gff3格式的基因组注释文件

我用到的文件是NCBI下载的拟南芥注释文件，为了减小计算压力，我只用到了gff文件的前119行，两个基因。

首先是读入gff文件

用到的函数是 GenomicFeatures R包中的 makeTxDbFromGFF()函数

library(GenomicFeatures)
txdb<-makeTxDbFromGFF(file="practice.gff",format="gff3")

可视化

用到的 ggbio 这个包中的 autoplot()这个函数

library(ggbio)
autoplot(txdb,
         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
         names.expr = "gene_id")+
  theme_bw()

结果

image.png

可以通过fill参数设置不同的颜色

autoplot(txdb,
         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
         names.expr = "gene_id",fill="red")+
  theme_bw()

image.png

不同的基因填充不同的颜色

autoplot(txdb,
         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
         names.expr = "gene_id",aes(fill=gene_id))+
  theme_bw()

image.png

现在还不知道如何给同一个基因不同的部分（utr,exon,intron）等填充不同的颜色
还有就是 makeTxDbFromGFF() 函数读入的数据存储格式还没搞懂

开头提到的参考资料里有一幅图将 reads数量， 覆盖度的折线图，vcf文件的结果，gff可视化的结果画到了一起，做基因组重测序分析应该会用得到。这里暂时不重复了。等用到的时候再说。

image.png

今天就到这里了，抽时间看看下autoplot()这个函数的帮助文档

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