美文网首页HLA分型
ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

作者: 生信修炼手册 | 来源:发表于2018-08-24 20:04 被阅读1次

欢迎关注"生信修炼手册"

在研究SNP时,我们有类似1000G,HapMap, Exac 等数据库,提供了不同人群中的频率信息。对于HLA的研究而言,也有存储频率信息的数据库-ANFD。

官网链接如下

http://www.allelefrequencies.net/default.asp

ANFD全称Allel Frequency Net Database, 存储了HLA, KIR,Cytokine, MIC 共4种人类基因组中多态性较高的突变信息,其中记录了allel, haplotype, genotype 3种格式的信息,最关键的是,提供了在不同人群中的频率信息。

1. Allel 在不同人群中的频率

通过该数据库的检索功能,可以查询HLA Allel在不同人群中的频率分布,网址如下

http://www.allelefrequencies.net/hla6006a.asp

Locus指定HLA基因座,Population指定人群,然后点击Search 按钮即可,上述条件的检索结果如下

2. haplotype 在不同人群中的频率

由于HLA基因簇的紧密连锁性,除了单个Allel的频率外,相关单倍型的频率也是需要关注的。官网也提供了检索单倍型的功能,网址如下

http://www.allelefrequencies.net/hla6003a.asp

通过选择构成单倍型的基因组合,然后进行检索。上述条件的检索结果如下

通过ANFD数据库,我们可以方便的得到HLA的Allel和haplotype在人群中的频率信息,除此之外,官网还提供了许多其他的功能,有待进一步的学习和使用。

扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!

相关文章

  • ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

    欢迎关注"生信修炼手册"! 在研究SNP时,我们有类似1000G,HapMap, Exac 等数据库,提供了不同人...

  • 频率不同

    有人在我的论坛转了篇文章,大意是一女的去参加《American idol》,评审觉得很糟糕,只是卡拉OK水平。小两...

  • 不同频率

    今天中午12点半的时候,猪队友发来了一个视频通话,我当时正在煮面,洗着小白菜,就没接。而后他又连续打了2个视频通话...

  • 城乡的不同频率

    车水马龙,熙熙攘攘的人群,各种嘈杂的声响,站在阿克苏市的街头,我竟有些恍惚…… 我突然意识到一个问题,城乡融合还有...

  • 精读啊拉丁《宇宙的三大本质》

    物质的最底层是由不断在振动的、不同频率的能量来组成,不同的物质有着不同的振动频率。 这个就是量子力学里说到的频率。...

  • MySQL读写分离实现

    数据库写入效率要低于读取效率,一般系统中数据读取频率高于写入频率,单个数据库实例在写入的时候会影响读取性能,这是做...

  • 让自己优秀的4个习惯

    不同环境选择不同频率。同时发现对方在什么频率调整自己同频。 一念天堂,一念地狱,处于不同环境中,面对不同的人,情绪...

  • 【临检杂谈】---遗传咨询常用数据库盘点(建议收藏)

    单基因遗传病集中在单碱基位点分析的数据库 一、 频率数据库(目的:排除良性SNP位点) dbSNP数据库[http...

  • 远离频率不同的人

    文/纤云拂袖 越来越相信,人和人之间真的存在磁场这回事。 有些人或许只见过几面,就能走进你心里,有些人哪怕再熟悉,...

  • 巴夏:为何你创造你的实相

    不同的频率 一切皆能量:一切事物皆以不同的频率在震动。某件事物之所以异于另一件,唯一的原因是,有一些能量和频率在速...

网友评论

    本文标题:ANFD-HLA在不同人群中的频率数据库

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/hlviiftx.html