《侏罗纪公园2》承接了第一集的主题，致力于将白垩纪、侏罗纪时期的古生物保护好，结果人类抑制不住自己的种种欲望，反被恐龙入侵的故事。
在主题公园废墟内，某雇佣组织正在海底将一集中的暴戾霸王龙的骸骨进行提取，在暴雨和恐龙的杀戮中，成功完成了任务，杀戮的背景图像是公园内流星火雨的画面，原来，公园所在小岛正是一个已然“觉醒”的火山，熔岩喷发，小岛将被灰烬无情吞噬，岛上的生命也将荡然无存，这无疑宣告恐龙在这个时代的总结。
与此同时，一群致力于保护恐龙的人们，组成了保护恐龙“大军”，在国家议题上讨论恐龙是否应该被拯救的问题，在理性和感性的碰撞下，议会最终作出折中的选择，既不保护，也不主动绞杀，任其自生自灭……
这对致力于保护恐龙的女主克莱尔而言无疑是不能接受的，她找到了热衷于保护恐龙的阴险男，以第一部迅猛龙女主为诱饵，让女主克莱尔以及男主星爵展开了恐龙营救行动，哪知道这有一次充当了阴险男诱捕迅猛龙女主的棋子。
几经周折，阴险男终于在自家城堡中开始了拍卖，刚被“保护”运回的恐龙，瞬间变成了拍卖品，随着暴戾迅猛龙这一拍卖品的出现，拍卖会到达了顶峰，这一智慧和暴戾的半成品聪明地挣脱牢笼，在古堡内开始了杀人游戏，女主克莱尔、男主星爵与暴戾迅猛龙如猫鼠般开展追逃，随着迅猛龙女主的英勇反杀，这一大杀器也走到生命的尽头。
另一方面，城堡内的激战将城堡中的剧毒氰化氢释放了出来，堡内恐龙危在旦夕，又是恐龙生死存亡的时刻，又是抉择时，古堡小女主做出了释放恐龙到大自然的终极决定，有如因果循环一般，在翼龙飞翔的天空中，影片落下帷幕。
影片以保护恐龙为主线，讲述了五个不同群体的五种观点。
一是消极型观点。尊重自然的选择，在生态链的影响下，让恐龙自然繁衍，但在火山爆发自然环境的影响下，无异于是消极的，默认要这些不存在这个时代的生物永远消失。
二是感性型观点。以女主克莱尔为代表，以建立自然生态区为依托，将恐龙保护起来，这种保护是感性的，没有足够的资金，有没有统一的思想，甚至一而再再而三忽略恐龙的不可控性，影片中眼镜女脱口而出的:“我从未亲眼见过恐龙！”这不禁让我们反思，简单的善心和热血对持续保护一个危险的种族意义有多大?
三是理性型观点。以男主星爵为代表，在保护恐龙的同时，对恐龙习性进行研究，有着控制的保护，才懂得如何去保护，然而男主星爵的做法很容易被理解为商业化，已恐龙来牟取暴利，男主星爵的研究也需要商业巨头的资金支持，因此，此份理性在现实面前也容易被金钱绑架。
四是激进型观点。利用基因工程，对恐龙基因进行重组，制造懂人言、听人命的杀戮机器，商业巨头依托科学家研究恐龙，再将恐龙卖给世界各国野心家，行为不同，但终极目的一致，以保护为名，利用和榨取恐龙的价值。
五是同理型观点。代表人物是古堡小女主，一位被古堡寄托情思的克隆人，在某种意义上古堡小女主与这个时代的恐龙一样，都是被克隆出来的，这群人想要恐龙生存下去，在心底也是希望克隆这个群体能活下去，眼镜女在剧中说过:“克隆者的生命很脆弱且寿命也不长，但有食物营养供给，便与正常体无异。”但在心理层面，克隆群体依然需要被认同。
五个群体交织在影片故事里，便可知道，故事世界对恐龙这一群体不可能有真正共性的认识，无论是保护还是打压，对恐龙的保护就像打开潘多拉魔盒一般，走向极端，忘记初衷，试想，在白垩纪就已经存在的古生物，真的还需要我们保护吗？或许那些弱小的哺乳动物才是我们真正要保护的对象。
在一座山峰上，迅猛龙女主望着山下的居民区，发出兴奋的嘶叫声，似乎在向整个世界宣示的新时代的来临。
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