FFPE样本是临床上用来保存病理样本的常用方式，但由于固定过程中蛋白质与核酸交联造成的核酸片段化，使得样本的核酸提取与测序等步骤操作困难。10x Genomics公司单细胞基因表达Flex技术以及Visium FFPE空间转录组技术，突破了从FFPE样本中获取基因表达信息的障碍，以高灵敏度和高特异性分析FFPE样本中相关基因的表达，这将使得越来越多的回顾性临床样本得以进行数据分析。

两种技术均为特异性探针杂交捕获原理，同一套探针库设计覆盖人的18,000多个编码基因，大部分基因设计3对探针，保证常规基因检出的同时提升基因检测灵敏度，探针捕获50bp长度RNA，与降解的RNA高度兼容。

Chromium单细胞基因表达Flex测序技术

FFPE样本通过脱蜡等处理后解离成核悬液状态，进行探针孵育与捕获，支持多样本建库，根据探针上的Probe Barcode序列进行样本标记与数据拆分，混样同批次操作最大限度减少实验可变性和批次效应。

图1 单细胞基因表达Flex多样本实验流程

实测数据

产品优势

01 支持混样建库，方便样本进行批量分析

批量进行单细胞转录组分析，降低实验批次效应，单细胞基因表达Flex芯片单通道支持最多16个样本混样

02 特异性探针设计，高灵敏度捕获全转录组

针对靶基因设计杂交探针进行捕获，大部分基因设计3对探针，部分低表达基因设计5对探针，保证基因检出灵敏度

03 百万级细胞通量，混样降低实验成本

每套探针最高捕获8k-1w细胞，单张芯片单孔最高可捕获12.8w个细胞，整张芯片可实现百万级细胞通量捕获，提高效率的同时大大降低每个样本的成本

Visium FFPE空间基因表达测序技术

放置于载玻片上的FFPE组织切片进行脱蜡处理和探针孵育，转片至CytAssist仪器进行透化，探针释放与捕获区域内的寡核苷酸引物杂交，使得不同位点（spot）样本被Spatial Barcode标记捕获，获得样本的组织形态学信息和空间基因表达信息。

图2 Visium FFPE空间基因表达实验流程

实测数据

产品优势

01 与H&E技术结合进行形态学分析，充分挖掘珍贵的组织样本中的信息；

02 DV200检测要求降低至>30%，实现高度降解FFPE样本的检测，扩展样本兼容性；

03 更强的组织粘附性，降低疑难样本“脱片”的可能；

04 针对靶基因进行3对特异性探针设计，高灵敏度捕获全转录组，基因检出效率大大增加；

05 石蜡切片可从标准载玻片“转片”至CytAssist，简化样本处理，让无法出库的石蜡块增添研究可能；

FFPE样本单细胞&空间联合解决方案

FFPE样本承载着众多疾病的生物学信息，对FFPE样本的研究有助于研究人员对疾病的发病机制、治疗效果等领域进行更好的探索。多数情况下，研究人员会将治疗前后或病程较长病人的阶段性疾病组织制成FFPE样本，方便进行回顾性治疗比对，下图展示了以此为研究背景的FFPE样本单细胞&空间转录组技术联合解决方案。

应用10x公司的单细胞Flex及空间Visum转录组技术进行联合分析，是FFPE样本的优先推荐选择，两种技术应用同一套探针集，这使得同一样本基因表达水平具有良好的一致性，同时一致的分析软件也使得数据的联合分析匹配性更好。

应用方向

01 肿瘤学

肿瘤异质性  肿瘤微环境  肿瘤生长与转移 肿瘤免疫逃逸 治疗反应与抗性

02 神经科学

神经退行性疾病、神经免疫、神经损伤修复

03 免疫学

免疫浸润、免疫抑制、免疫耐受、免疫治疗、三级淋巴结构、感染免疫

04 病理学

分子病理学、免疫病理学、解剖病理学

FFPE样本制备及送样建议

图3 FFPE样本制备参考流程

单细胞样本送样建议

1.优先提供石蜡组织包埋块；

2.石蜡卷，需提供5μm厚度蜡卷10张用于RNA质检；25μm厚度蜡卷至少4张用于正式实验，要求包埋的组织截面面积>0.5cm2，现切现用；

3.实验用蜡卷每2张置于一个EP管内，密封后冰袋寄送

空间样本送样建议

1.优先提供石蜡组织包埋块；

2.石蜡切片，需提供10μm厚度蜡卷至少5张用于RNA质检（同一FFPE样本质检结果可与单细胞共用）；5μm厚贴片（阳离子防脱）样本2-4张用于正式实验，贴片样本保存时间不得超过14天

3.贴片密封好后，冰袋寄送