shell作为交互界面

source

source被称为点命令，用于重新执行刚修改的初始化文件source filename
source ~/ .bashrc bashrc用户变量，包含bash shell的所有bash信息

conda安装

1. 清华conda镜像源找到Anaconda/Minconda安装包

注意conda版本和系统

conda

2. conda安装和激活

conda安装
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.11.0-Linux-x86_64.sh
在shell中激活conda
source ~/.bashrc
输入conda后显示conda信息则说明conda环境激活成功

conda

3. 修改conda channel

config ：Modify configuration values in .condarc. 修改conda设置
conda --add cha 添加镜像

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

conda info 可以查看channel信息，看到镜像成功添加

conda info

conda使用

conda list
可查看当前服务器上所安装程序

conda软件安装

conda install 加上程序名称
conda remove 加上软件名称

conda环境创建

conda create --name + python版本 +软件名称
可能在运用不同程序的时候会出现某些必须环境程序不兼容的情况，可以通过创建conda环境分开安装以解决问题
conda info --env查看当前conda环境

conda environment
可以看到已经创建了一个新的环境rna-seq，默认env为base (加了 *）
激活新环境 conda activate
image.png