美文网首页比较基因组生信思路同源性分析
比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用

比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用

作者: Bioinfor生信云 | 来源:发表于2023-04-04 09:42 被阅读0次

    OrthoVenn2

    OrthoVenn2是一个网页版的基因家族聚类工具,它基于OrthoMCL。
    选择要分析的物种,也可上传蛋白序列


    • 分析结果


    OrthoFinder

    将多个物种的蛋白序列放入data 文件夹下. 蛋白序列文件名称为 物种简写.fasta 。OrthoFinder 会根据fasta 文件前缀汇总统计表格。

    • 文件准备
      你要比较的物种的蛋白序列
      A.fasta
      B.fasta
      C.fasta
      D.fasta
    • 运行orthofinder
    orthofinder \
    -f data \ # 数据目录
    -S diamond \ # 比对方法
    -M msa \ # 基因树推断方法
    -T fasttree \ #建树软件
    -t 20 # 线程数,根据服务器配置选择
    
    • 结果分析
      所有结果都存放在orthofinder目录下



      Comparative_Genomics_Statistics #统计结果
      Gene_Trees # 每个家族基因树
      MultipleSequenceAlignments # 多序列比对结果 包含单拷贝基因
      Orthooups # 主要结果目录
      Orthogroup_Sequences # 每个家族序列文件
      Single_Copy_Orthologue_Sequences # 单拷贝基因家族序列
      Species_Tree # 物种树构建结果

    Orthooups目录包含
    thogroups.GeneCount.tsv # 基因数目
    Orthogroups_SingleCopyOrthologues.txt # 单拷贝基因家族列表
    Orthogroups.tsv # 聚类结果
    Orthogroups.txt # 聚类结果
    Orthogroups_UnassignedGenes.tsv # 未聚类基因

    • 可视化
      OrthoFinder 结果一般使用venn 图展示,可以使用在线软件绘制venn图。
      整理数据格式
      保留需要的物种所在的列, 上传至在线网站jvenn.


    http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

    欢迎关注Bioinfor生信云!

    相关文章

      网友评论

        本文标题:比较基因组分析—OrthoVenn和OrthoFinder的使用

        本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/icbhldtx.html