shRNA序列设计

一、认识shRNA：

在研究基因功能中，RNAi由于可以特异性地使基因沉默或表达量降低而成为生物实验中的有力工具。其中，shRNA是可以克隆至表达载体并表达siRNA双链的DNA分子。今天给大家分享两种能快速设计shRNA的方法。

二、shRNA的设计:

1. Sigma网站

Sigma公司做了一个针对人和小鼠的shRNA库，而且部分基因的shRNA序列经过验证，因此直接使用Sigma公司已验证过的RNAi序列最为方便。

首先打开网址：https://www.sigmaaldrich.com/life-science/functional-genomics-and-rnai/sirna/mission-predesigned-sirna.html 出现以下界面：

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输入需要的基因名称 image.png

点击shRNA

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选择：
点击“MISSION shRNA Lentiviral Transduction Particles”这一行的“价格”，这时会弹出界面展示针对目的基因的shRNA，界面如下：

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reverse 链需要添加+AATT-reverse 比如：

Forword oligo：

5‘-CCGG-21bp sense-CTCGAG-21bp antisense-TTTTTG-3’

Reverse oligo：

5‘-AATTCAAAAA-21bp sense-CTCGAG-21bp antisense-3’（AATT为酶切点）

最后选择验证过的序列即可。

引物设计

引物设计的网站很多，个人比较喜欢的是

Primerbank

理由：哈佛大学的一个qPCR引物数据库，目前有超过20万条引物，涵盖了人和小鼠大部分已知的基因。根据网站上对两万多对引物的验证结果，引物有效率为82.7%。尽量选择这种验证过的qPCR引物，qPCR品质比较有保障。

网址：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

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其中NCBI-ID是在NCBI中查到的基因对应的序号，

另外一个是直接输入基因名

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之后会出现很多序列，一般选择验证过的

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