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让我看看,是哪个软件可以让Venn Plot 和 Upset P

让我看看,是哪个软件可以让Venn Plot 和 Upset P

作者: 种菜的小王 | 来源:发表于2020-04-22 10:27 被阅读0次

    前段时间,科研所需,学习了一下Venn图的绘制。一方面看了看Tbtools上的相关绘图功能,另一方面也了解了一下别人对于Venn图的理解和应用,这篇文章主要说说我个人认为比较有用的部分,和你们分享哈。

    1. Venn plot 和 Upset plot 的关系?

    Venn Plot 韦恩图,在不太严格的意义下用以表示 集合关系 的一种草图。这里的集合,没错,就是我们高中学的集合。

    集合数 ≤ 4使用 Venn Plot 可视性强 (TBtools绘制) 

    然而当集合数量变多,你的Venn图就会变成:

    看起来稍显凌乱,not very well(TBtools绘制) 

    Upset Plot 韦恩图进阶版,可以很好地展示多个集合(≥5个)之间的关系。

    集合数>4 时 Upset Plot 则是最佳选择(TBtools绘制)


    2. TBtools上相关功能如何使用?

    有这三个功能

    功能1,支持2-6组的set绘制韦恩图,文件可直接拖拽,适用于2-4个set的情况,5或6就可以,就是不太好看。

    准备数据 一秒出图

    功能2和3都是 upset plot,唯一的区别就是up to any set是逐个添加集合,类似于1添加文件的过程;而3则是batch,就是批量,可一口气拖拽所有文件。导入文件后,还是直接开始即可。

    2界面 3界面

    至于如何解读Upset Plot,盯着你的结果图5分钟,仔细思考,我觉得你会明白的。

    这里,如果你想利用Upset包绘图,可以直奔 https://blog.csdn.net/tuanzide5233/article/details/83109527

    3. 或许 Venn 和 Upset 可以结合一下? 

    在了解别人是如何画韦恩图的时候,看到这样一句话: upset plot唯一的槽点是空白的地方太多。看了看,确实是,于是人家提出,或许可以将二者结合?

    内容会更丰富,且毫无违和感

    原文见:http://www.360doc.com/content/18/0810/14/33037066_777220390.shtml

    并且这里面非对称的venn图让我很感兴趣,于是我找到了这个这个软件:http://sysbio.uni-ulm.de/?Software:VennMaster

    如果你也需要这个软件,首先下载安装方法在主页说的非常清楚了,打开软件之后,针对咱们之前为Tbtools准备的文件,可以打开这个选项,同时打开几个集合,就会得到下图。在图片上右键可以修改颜色,添加一些标签等,自己点点试试,一目了然。

    打开这个选项 针对你想添加label的地方右键,进行一些设置

    总之,用TBtools出图无疑是方便快捷的,尤其是在set数比较少的时候,可以说是首选。当你的样本量较大,有更多的需求时,或者可以尝试写写代码,用用其他软件丰富你的结果哈。


    今日份鸡汤:功不唐捐,玉汝于成,每天再多努力一点点吧!

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