转录组--STAR比对（可用于差异分析、可变剪接分析和call_

1 建索引

STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate --genomeDir /home/sll/genome-sheep/Oar_rambouillet_v1.0-STAR --genomeFastaFiles GCF_002742125.1_Oar_rambouillet_v1.0_genomic.fna --sjdbGTFfile GCF_002742125.1_Oar_rambouillet_v1.0_genomic.gtf --sjdbOverhang 149

--runThreadN：线程数。
--runMode genomeGenerate：构建基因组索引。
--genomeDir：索引目录。（需提前建好）
--genomeFastaFiles：基因组文件。
--sjdbGTFfile：基因组注释文件。
--sjdbOverhang：reads长度减1

2 比对(若用于GATK，可不排序输出sam文件)

1)常规比对（一次2个吧, 用于差异分析）

STAR --runThreadN 10 --genomeDir /home/sll/genome-sheep/Oar_rambouillet_v1.0-STAR --readFilesIn SRR17709920_1.filter.fastq.gz SRR17709920_2.filter.fastq.gz --readFilesCommand gunzip -c --outFileNamePrefix ./starmap.bam/SRR17709920

--readFilesIn ：paired reads文件
--outSAMtype ：表示输出默认排序的bam文件，类似于samtools sort（还有--outSAMtype BAM Unsorted和--outSAMtype BAM Unsorted SortedByCoordinate）
--outFileNamePrefix ：输出文件路径即前缀

2. 2-pass模式（用于RNA数据的GATK--call_snp）

1.常规比对
STAR --runThreadN 10 --genomeDir /home/sll/genome-sheep/Oar_rambouillet_v1.0-STAR --readFilesIn SRR17709920_1.filter.fastq.gz SRR17709920_2.filter.fastq.gz --readFilesCommand gunzip -c --outFileNamePrefix ./starmap.bam/SRR17709920

--readFilesIn ：paired reads文件
--outSAMtype ：表示输出默认排序的bam文件，类似于samtools sort（还有--outSAMtype BAM Unsorted和--outSAMtype BAM Unsorted SortedByCoordinate）
--outFileNamePrefix ：输出文件路径即前缀

2.建立索引，--sjdbFileChrStartEnd参数将所有样品的SJ.out.tab文件作为输入的annotated junction进行第二次建index。
STAR --runThreadN 20 --runMode genomeGenerate --genomeDir ./index --genomeFastaFiles /home/sll/genome-sheep/Oar_rambouillet_v1.0-STAR/GCF_002742125.1_Oar_rambouillet_v1.0_genomic.fna --sjdbGTFfile /home/sll/genome-sheep/Oar_rambouillet_v1.0-STAR/GCF_002742125.1_Oar_rambouillet_v1.0_genomic.gtf --sjdbFileChrStartEnd *.out.tab --sjdbOverhang 149

./index  新建的索引目录 

3.第二次比对，用第二次建立的index再一次对每个样品进行STAR比对
STAR --runThreadN 10 --genomeDir ./starmap.bam/index --readFilesIn SRR17709920_1.filter.fastq.gz SRR17709920_2.filter.fastq.gz --readFilesCommand gunzip -c --outFileNamePrefix ./starmap.bam/2_pass/SRR17709920_2pass

注：常规的差异分析、可变剪接分析建议使用HISAT2软件，这破软件好烦，如果是要用RNA数据call SNP那就使用它的2-pass模式，毕竟是GATK官网推荐的软件。