本目录为单细胞相关分享索引，持续更新....
1.上游数据处理
01.单细胞测序上游-数据下载（适用于图形化界面）
02.单细胞测序上游-从原始数据下载到cellranger定量
2.单细胞下游分析
01.单细胞入门-Seurat对象创建
02.认识Seurat对象
03.单细胞数据质控及降维标准流程 ||更新：使用SCTransform标准化
04.单细胞亚群注释
05.单细胞注释-marker参考
进阶：
排除肿瘤样本中的正常上皮细胞:
一、infercnv:
01.infercnv-区分肿瘤样本中的正常上皮细胞-infercnv运行
02.infercnv-区分肿瘤样本中的正常上皮细胞-infercnv结果处理
二、Nature Communications方法参考
肿瘤样本中的正常上皮鉴定-参考Nature Communications
GSVA:
01.单细胞分组水平GSVA及可视化
转录因子分析:
pySCENIC-基于Python的转录因子分析
细胞交互：
CellphoneDB
3.处理细节
01.单细胞降维最佳PC数量选取
02.取细胞子集后的Seurat标准流程（简洁版）
03.查看不同粒度下的分群走向
04.寻找所有亚群的差异基因并输出
Hayley笔记-单细胞处理细节（很全面）
05.清空不同Resolution分群走向的历史信息
4.其他
问题交流：
Email: xuran@hrbmu.edu.cn
网友评论