1.9软件安装

写在前面

1. RNA-seq整个流程跑一次，不用理解里面调用包里面的每个命令（这个时候也理解不了）
2. 通过安装包来理解RNA-seq需要调用命令

软件安装三种方法

1. 官网下载安装
2. github 下载安装
3. 本地上传

1. 官网下载安装

思路：下载-解压-调用-加入环境变量
安装包的流程(以sra-tools为例)

#准备：先新建一个biosoft的文件夹，将所有的软件放在一起，进入文件夹
mkdir biosoft
cd biosoft
#在biosoft里新建文件夹放不同的软件
mkdir sra-tools
cd sra-tools

1. 包名称搜索，到官网得到下载网址

wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.2/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
#检查下载压缩文件
ls -lh

2. 解压

tar -zxvf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz
#检查解压文件,进入,查看
ls -lh
cd sratoolkit.2.9.2-ubuntu64

3. 查看软件安装帮助文档,留意不同系统的调用方式

less -S README.md
#调用
./fastq-dump --help
#查看调用路径
pwd

4. 先返回到家目录,看到.bashrc ，添加到环境变量，保存退出

cd ~
ls -a
vim .bashrc

export PATH="/home/vip11/biosoft/subread/subread-1.6.3-source/bin:$PATH"
:wq

2. github 下载安装

以bedtools2为例
github

#下载
git clone https://github.com/arq5x/bedtools2.git
#安装和编译
cd bedtools2/
make
#调用
bedtools --help
#查看路径
pwd 
/home/vip11/biosoft/bedtools/bedtools2/bin
#添加到环境变量
cd ~
vim .bashrc
export PATH="/home/vip11/biosoft/bedtools/bedtools2/bin:$PATH
#保存退出
:wq
#环境变量中激活
source .bashrc