转录组入门二（mac版）：读文献下数据

作者: Thinkando | 来源:发表于2017-10-17 17:10 被阅读248次

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转录组入门二，读文献下数据

在NCBI查文章：

AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034

找数据地址

image.png
去GSE网站，搜GSE81916

image.png
image.png
下载代码

# 在终端运行
#用axel下载会快一些
brew install axel
for i in {56..62}
do
# 也可以用wget 下载
axel ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra
done

参考文献：

http://www.biotrainee.com/thread-1908-1-1.html

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网友评论

Ryan_hehe:为什么我GEO检索出来下面Supplementary file里面没有ftp了呢，只有tar格式？

卖萌哥:有个小问题请教一下，为什么下数据的时候只下了56到62的部分，前面的部分为啥不下嘞？是有什么不同么？

Ryan_hehe:文章里说56-62是RNAseq，其他事immu什么的数据

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