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转录组入门二(mac版):读文献下数据

转录组入门二(mac版):读文献下数据

作者: Thinkando | 来源:发表于2017-10-17 17:10 被阅读248次

    转录组入门二,读文献下数据

    • 在NCBI查文章:

    AKAP95 regulates splicing through scaffolding RNAs and RNA processing factors. Nat Commun 2016 Nov 8;7:13347. PMID: 27824034

    • 找数据地址


      image.png
    • 去GSE网站,搜GSE81916


      image.png
      image.png
    • 下载代码
    # 在终端运行
    #用axel下载会快一些
    brew install axel
    for i in {56..62}
    do
    # 也可以用wget 下载
    axel ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByStudy/sra/SRP/SRP075/SRP075747/SRR35899$i/SRR35899$i.sra
    done
    

    参考文献:

    1. http://www.biotrainee.com/thread-1908-1-1.html

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      网友评论

      • Ryan_hehe:为什么我GEO检索出来下面Supplementary file里面没有ftp了呢,只有tar格式?
      • 卖萌哥:有个小问题请教一下,为什么下数据的时候只下了56到62的部分,前面的部分为啥不下嘞?是有什么不同么?
        Ryan_hehe:文章里说56-62是RNAseq,其他事immu什么的数据

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