RNA-seq简介

作者: Hello育种 | 来源:发表于2021-10-12 20:17 被阅读0次
image.png

研究对象:mRNA,其来自特定的细胞和组织(在特定条件)
RNA使用试剂盒提取后,需要-80℃保存。质量查看:28S与18S比值,接近10为好

研究方法:


image.png

得到fastQ文件,格式:


image.png

解释:


image.png

而后需要将RNA匹配到genome上(找基因)

查看基因的表达:


image.png

2(基因大小不同)和3项(测序深度不同)表明,需要将reads数标准化
4则是为也校正p值,一般采用:


image.png

查看基因表达不同

使用DESeq包,先做PCA,查看分别,接着clustering和heatmap查看样本分组情况。需要重点研究差异表达基因,对其做GO分析。

WGCNA做全部分析

文档及例子:
https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/index.html

soft threshould:


image.png

需要为network选择β,


image.png

对不同基因进行module分组:


image.png

查看各module与各性状的关系:


image.png

最后查看显著差异基因与module内部基因的关系:
模块成员 (MM) = 模块特征基因(模块的平均值)与基因表达谱的相关性


image.png

相关文章

网友评论

    本文标题:RNA-seq简介

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/mbitnltx.html