研究对象:mRNA,其来自特定的细胞和组织(在特定条件)
RNA使用试剂盒提取后,需要-80℃保存。质量查看:28S与18S比值,接近10为好
研究方法:
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得到fastQ文件,格式:
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解释:
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而后需要将RNA匹配到genome上(找基因)
查看基因的表达:
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2(基因大小不同)和3项(测序深度不同)表明,需要将reads数标准化
4则是为也校正p值,一般采用:
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查看基因表达不同
使用DESeq包,先做PCA,查看分别,接着clustering和heatmap查看样本分组情况。需要重点研究差异表达基因,对其做GO分析。
WGCNA做全部分析
文档及例子:
https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/index.html
soft threshould:
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需要为network选择β,
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对不同基因进行module分组:
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查看各module与各性状的关系:
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最后查看显著差异基因与module内部基因的关系:
模块成员 (MM) = 模块特征基因(模块的平均值)与基因表达谱的相关性
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