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Genome Biol
译名：通过长读长蛋白质组学增强蛋白质的异构体表征
时间：2022-3-3
期刊：Genome Biology
影响因子：10.806
DOI：10.1186/s13059-022-02624-y
检测人类基因组编码的生理相关蛋白质异构体对生物医学至关重要。研究人员描述了一种长读长蛋白质组学方法，用于整合样本匹配的长读长 RNA序列和基于质谱（MS）的蛋白质组学数据以增强异构体表征。这种蛋白质异构体的分类方案，可发现新的蛋白质异构体，并提出了第一个蛋白质推断算法，用于直接整合长读长转录组数据，以检测基于 MS 检测难以处理的蛋白质异构体。
New Phytol
译名：植物病原真菌中可变剪接和可变聚腺苷酸化的发生和调控
时间：2022-4-22
期刊：New Phytologist
影响因子：8.512
DOI：10.1111/nph.18164
在高等真核生物中，可变剪接（AS）和可变聚腺苷酸化（APA）对基因表达的调控起着重要作用。该论文利用全长转录组Iso-Seq、链特异性RNA-Seq和基因功能验证等多种技术手段，为丝状植物病原真菌——禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）创建了一套全面完整的全长转录本注释，并系统研究了AS和APA的发生特点和调控功能。这是目前丝状真菌中已报道的最为全面和完整的转录本注释，且课题组还专门搭建了一个禾谷镰刀菌基因组数据库网站（http://fgbase.wheatscab.com/）。禾谷镰刀菌中的AS和APA很可能作为统一的细胞重编程机制负责降低衰老和休眠组织中的蛋白产量，从而调控组织衰老和休眠。这项研究为丝状真菌基因调控的复杂性提供了新的见解。
Genetics
译名：玉米自交系叶片转录组对臭氧升高反应的变异与对臭氧的生理敏感性有关
时间：2022-5-17
期刊：Genetics
影响因子：4.015
DOI：10.1093/genetics/iyac080
作者研究了臭氧浓度持续升高对5种不同玉米自交系基因型叶片转录组的影响，使用长读长组装转录本，短读长量化这些转录本的表达。虽然臭氧胁迫下选择性剪接的证据有限，但这5种基因型的差异表达程度存在差异。无论短读长是否与长读长组装转录本对齐，对臭氧的基因型反应的相对大小和富集分析都是一致的。研究发现，长期的臭氧暴露直接影响叶片的光合机制。
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