IGV二次开发

参考：https://www.jianshu.com/p/14f1d64d220f

二次开发前：了解原本有的功能，避免重复，方法：看官方文档

                    画出需求设计图，有的放矢。

需求：

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用三个文件：分段比对的、meta的、intron的。多加一个track，在intron3‘ss位置将intron用极坐标表示，外圈是分段比对的，内圈是meta的序列，用同样的颜色表示同一个片段出来的read。渐变色不便于识别，放弃。

可以先在python中写一个小demo，再移植到igv。

或者，只要找到igv是如何确定位置的，再将坐标转换为极坐标，即可将图像改变。

考虑各个层次结构：从igv的文章中可以看到

找到https://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/java/awt/Graphics2D.html，graphics2D画图的部分。只能对画出的图旋转等，虽然也能画弧形，但是不如只变换坐标画图方便。

再找点文献，不行先自己写一个，然后再套进igv。Visualization of RNA structure models within the Integrative Genomics Viewer

从补充材料找结构 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3346182/

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coverage-tract

2 2

attribute位置：

2 3 3 ？ 3

是alignment。

目前决定的思路是：

用readref的方法，读出每个inron的x1,x2，作为画圆弧的参数

用readsam的方法，读出每个read的x1,x2，转换到圆弧上。并设置弧线宽度。

先在gui上尝试用graphics2D画一下，可以之后再在track中加上。

arc 8 7 3

http://www.doczj.com/doc/1e9edb9d55270722182ef723-8.html

3 4 5

用了几天大概理清igv的层次，尝试简单按照其思路在GUI中复现

选择idea做编辑器（与IGV的编辑器保持一致）

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简单画一条线尝试一下。

具体的建GUI参考如下：

https://www.jianshu.com/p/cdca9a30b86b

https://www.cnblogs.com/wq-blogs/p/12701857.html，这个主要看建GUI form的地方，其他参考1

IGV的大体层次是：

trick （轨道）

    rectangle（轨道里的每一个row）

        g.fillpolygon（画每条read）

复现/改写的步骤也是：

    先建立一个track

        再计算rectangle的x,y 因为条数多了y需要加高，并且因为是画环形，y需要重新计算，而x可以直接拿来用

            算每层多加的y

                画弧线，并用storken设定宽度。

IGV的代码目前来说太长了，能看懂的部分未比对，需要先复现一下，然后再接着看。

要增加的部分就是1.加rtack 2.画环形和弧形（用readGFF3 和readSAM类里的方法）

待验证正确后，会将IGV代码逻辑和结构整理好写一下。

在参考文献是发现，有写IGV插件发文章的：

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