安装生物信息软件一直是困扰很多人的一个问题,现在有了bioconda,可以方便的安装很多生物信息软件,但是bioconda也有一定的缺陷,首先就是链接速度太慢,而且由于python的多个版本,很多时候目录会弄的特别乱,我理想中的安装生物信息的方法,应该是像App Store安装应用一样就好了,而Ubuntu系统的Synaptic工具就可以完成这个作用,目前里面已经集成了很多生物软件,而且,它比App Store历史要悠久。
Synaptic介绍
新立得(Synaptic)是Debian和Ubuntu Linux操作系统的包管理工具apt的图形化前端。它结合了图形界面的简单操作和 apt-get 命令行工具的强大功能。您可以使用新立得安装、删除、配置、升级软件包,对软件包列表进行浏览、排序、搜索以及管理软件仓库或者升级整个系统。您可以进行一些系列操作形成操作队列,并一起执行它们。新立得会提示您可能的依赖关系(您所选择的软件包所需的额外软件包)以及您所选择的软件包与系统中已经安装了的软件包的冲突。
http://www.nongnu.org/synaptic/
Synaptic使用
1、软件安装,目前Synaptic只能安装在Debian系统,以前系统集成,现在需要单独安装。
aptinstall -y synaptic#安装新立得
2、启动ubuntu菜单,搜索Synaptic,或者直接在命令行敲synaptic命令启动软件。需要输入root密码。
3、软件左侧是分类类目,可以首先选择软件类目,缩小范围,在从中选择需要的内容,也可以直接进行搜索。
4、其实软件管理的就是/etc/apt目录下sources.list中的软件源,可以额外添加,如果有一个专用的生物软件源,像bioconda一样,就太方便了。
5、在新立得软件的Science选项卡中可以找到非常多的生物软件,选中安装即可,可以自动安装依赖,像App Store安装App一样方便。
6、可以从中找到bwa,blast,blat,bcftools,bedtools,bowite2,phylip,clustalW,NCBI系列,samtools,seqtk等等,总之非常非常多,选中安装即可,非常方便。
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