image.png
变量
- 显示变量值：
echo $变量名变量名之前一定要有$符号，echo才能将变量名替换成实际变量值。 - PATH存放命令的查找方式，类似快捷方式。
which查看命令的位置。 - 系统级配置文件：
/etc/profile
用户配置文件：~/.bashrc - 查看linux常见命令：man.linux【linux命令大全】
- windows下查看环境变量：我的电脑-属性-高级系统设置
正式安装软件
1. Root安装
2.Conda安装
小炒：搜索 “conda cheatsheet”
好处：
- 第三方软件齐全，安装方便。
- 多环境管理，避免软件冲突。
- 不需要root权限，可自由安装软件。
添加channel
channel是有顺序的，一般保持bioconda在第一个，conda-forge在第二个。-defaults放最后。
创建软链接,相当于在桌面创建了快捷方式：ln -s
例：ln -s ~/miniconda3/envs/python2/macs2 ~/.local/bin
搜索生信软件
https://bioconda.github.io/ -availiable packages
Tips
- 安装conda不要添加到环境变量，用
source activate启动。 - 家目录下创建路径
opt存放软件，一个子目录为“syssoft”，存放系统软件；另一个子目录为“biosoft”，存放生物学软件。 - 家目录下创建路径
src，用于存放源代码 - Vim条件下，shift+g 跳到最后一行。
conda的另一种形式：mamba，也可以用来安装软件。
3.C/C++安装
二进制版本
以ncbi-blast,'sra-toolkit','hisat2'为例
- 下载相应版本的文件
- 解压缩
- 添加环境变量,使其在相对路径也可调用
vim ~/.bashrc
export PATH=$PATH:~/opt/biosoft/hisat2-2.1.0 #$PATH是提取当前环境变量
source ~/.bashrc #运行
- 完成
预编译版本
image.png
以zlib为例，samtools依赖的软件。
- 下载并解压
- 配置 作用：检查系统，构建make file。
./configure --prefix=$HOME/opt/sysoft/ #第一步
- 编译
make #第二步
make install #第三步
tree的安装只需后两步，且最后一步的时候要做修改，记得去看Read me。
make install prefix=$HOME/opt/sysoft/
三部曲解读：
- configure 检查系统，构建makefile。
如果没有root权限要解决软件依赖的问题：
https://www.jianshu.com/p/da92ca36a220
修改makefile的变量名
- export CC="usr/bin/gcc"
./configure - make insatall prefix=$HOME opt/syssoft/
- 直接vim makefile，修改prefix
image.png
解决C语言编译问题
https://www.jianshu.com/p/7872d02694ea
4.Python 安装软件
python包软件管理工具
pip 从源代码进行编译安装。
conda 下载预编译代码解压安装
conda 安装deeptools
deeptools在python2下表现更好。
conda create -n python2 python2
conda activate python2
conda install deeptools
5.Perl 安装软件
image.png
安装链接：http://www.bio-info-trainee.com/2451.html
6.R安装软件
链接：
1.http://www.biotrainee.com/thread-144-1-1.html
2.http://www.bio-info-trainee.com/2092.html
7.JAVA安装软件
image.png
举两个例子：
- trimmomatic 常用于处理原始测序数据。
- GATK 最突出的功能在variant calling
三步走战略：
下载
安装
运行：java -Xmx4G -jar XXX.jar parameters
参考：
bilibili：zhougengxu
https://www.bilibili.com/video/BV1JJ411p7fX?spm_id_from=333.337.search-card.all.click
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