零代码下载TCGA数据库第四期：Fire Browse工具

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各位科研芝士的朋友，大家好，又见面了，TCGA的下载我们已经连续分享了3个帖子，分别是官网直接下载，UCSC-XENA下载和cBioportal工具下载，你以为数据下载就结束了吗？不是哦，今天我们继续分享关于TCGA数据无编程下载。我们继续秉承一个点点鼠标下载的理念，给大家推荐好用的TCGA下载工具。

那今天，我们的主题就是Fire Browse工具。

Fire Browse（http://firebrowse.org/），这是由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台，提供基因表达，突变等综合挖掘分析功能，类似于cBioportal。该网站在TCGA数据可视化中做的依旧不错，可以帮助大家更好使用TCGA这个资源丰富的数据库。毕竟所有资源的开发都是为了进一步对数据进行整合。下面我们就进入正题，网站主页是这样的：

接着我们还要提一下另外一个和Fire Browse非常相近的FireHouse，这个和Firebrowse的关系，就是Fire Browse是FireHouse的浏览器，FireHouse是数据的存储站。

那我们就先来认识一下FireHouse，我们主要关注Software和Download

先点击software，界面如下：

我们发现其提供了基于python和R的数据处理方式，比如我们点开python，如下：

这个需要我们安装python环境下的firehouse库。

接着我们点击R环境，如下：

它就要求我们安装FirebrowseR这个包，后续关于该包的使用，我们会继续推出教程，欢迎大家继续关注。

接着我们点击download，发现它提供了一个数据下载工具firehose_get工具，支持数据下载，并且提供了详细的软件使用说明。

既然我们是关于鼠标点击数据下载的，怎么能用软件这么复杂的操作呢？那我们，如何通过鼠标点击实现下载的梦想呢？首先我们进入FireHouse主界面，如下：

点击第一个Data 下面的Browse，便进入肾上腺皮质癌的数据展示界面，会出现下面的界面。

看到了FireBrowse是不是有一种莫名的熟悉感？红色框框内部便是我们看到的for ACC，ACC是对肾上腺皮质癌的简写。

点击mRNAseq

我们看到了有上述5类数据：

illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_isoforms_normalized  (MD5)
基于RSEM的软件基因的isoforms的归一化之后的表达数据

illuminahiseq_rnaseqv2-exon_quantification  (MD5)
基于RSEM的软件外显子定量的表达数据

illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes  (MD5)
基于RSEM的软件基因的表达数据

illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes_normalized  (MD5)
基于RSEM的软件基因的归一化之后的表达数据

mRNAseq_Preprocess  (MD5)
基于RSEM的软件处理过程

illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_isoforms  (MD5)
基于RSEM的软件的isoforms的定量数据

illuminahiseq_rnaseqv2-junction_quantification  (MD5)
基于RSEM的软件融合基因定量数据

RNAseq数据下载我们主要关注两个文件，分别是illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes  (MD5)，

illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes_normalized  (MD5)

分别用Excel打开如下：

illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes  (MD5)

我们可以看到，该文件里面包含了raw count文件。

illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes_normalized  (MD5)

我们可以看到，该文件里面包含了归一化之后的count文件。 

数据下载好之后，我们点击Analysis。

如下：

可以看到最显著的明显的突变基因列表。

除此之外，我们还可以ACC的CNL的信息，如下：

OK，今天的教程主要是带大家体验TCGA的第四种非编程数据下载方式，下期我们继续推出TCGA的基于R语言数据下载的方式，今天的数据下载先讲到这。

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