段祺瑞感到再催促前线的北军进攻是不可能了，转而对湖南改攻为抚，派员分途招抚南军：凡愿受抚者，一律改编为“国军”，官兵仍供原职；凡不愿入伍者，准其给资遣散。
风云变幻，陆荣廷进行大广西主义，以桂军控制两广扩及湖南；唐继尧进行大云南主义，视川黔为势力范围，于是，广东有粤桂滇军之争，四川有川滇黔军之争。唐继尧和陆荣廷互争西南盟主，以一致对外的美名向北方军阀讨价还价，只求北洋势力不渗入自己的势力范围内；西南5省内野心较小的军阀也与北方勾结，护法军政府内部危机重重，孙中山处境极其艰难。
乘北方主和之风，直系桂系勾结更紧，陆荣廷、唐继尧操纵改组军政府：取消大元帅一长制，而代之以桂、滇军阀和政客合伙操纵的总裁合议制，从而进一步剥夺孙中山的职权。5月4日，广州非常国会开会，出席议员80余人，赞成改组军政府案的占40余人，孙中山愤而辞去大元帅职务。
孙中山辞职，护法运动失败，仍然忠于中国革命事业的人们，陷入怀疑和苦闷。廖仲恺愤愤地说：“直皖争斗正烈，正宜进军北方，而唐、陆目光如豆，坐失良机！”
孙中山：“中国的1916年，10月31日，黄克强病故于上海；11月8日，蔡松坡病逝于福冈。——天妒英才！但使克强、松坡在，定可直捣北京，与诸君痛饮！”
“唐继尧、陆荣廷者流，军阀而已，只为一己之利，只会祸国殃民。”
“南北军阀，一丘之貉！”
“军政府已无可为，我们怎么办？”
“天无绝人之路，革命必然成功！我们寻求别的路子。”
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