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当我们进行群体分析时，获得vcf文件后，可以根据变异位点对这些样本进行PCA分析，现简单介绍 1、软件安装 2、简...
VCF2Dis[https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis]，是一款计算根据v...
pixy用于从vcf变异文件中计算pi（π）,Dxy和Fst的值。 1.使用conda安装pixy github[...
===========第一种方法利用VCF2Dis生成距离矩阵=================== VCF2Di...
在分析变异过滤得到SNP时，一般都会用PHYLIP构建NJ进化树 但是phylip又不能直接把vcf文件作为输入文...
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vc...
原文链接 Analysis of genome data主要内容：利用vcf文件计算不同群体之间的遗传分化指数方法...
FST分析 首先将plink文件转化成VCF文件（转换方法见plink章）准备两个种群文件sample1andsa...
从VCF文件画PCA图：https://blog.csdn.net/coolsen133/article/deta...
本文标题：根据vcf文件计算群体间Fst;构建进化树;网络图;PCA
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/nlsmwctx.html
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