美文网首页1 生物信息学生不了啦
全基因组重测序技术路线

全基因组重测序技术路线

作者: wangchuang2017 | 来源:发表于2018-06-28 11:30 被阅读10次

概述
全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。
将不同梯度插入片段(Insert-Size)的测序文库结合短序列(Short-Reads)、双末端(Paired-End)进行测序,帮助客户在全基因组水平上扫描并检测与重要性状相关的基因序列差异和结构变异-SNV,实现遗传进化分析及重要性状候选基因预测。
目前针对人类全基因组重测序能保证30X,90G的数据量。

技术路线
提取基因组DNA,利用Covaris进行随机打断,电泳回收所需长度的DNA片段(0.2~5Kb),加上接头, 进行cluster制备,最后利用Paired-End(Solexa)的方法对插入片段进行重测序。
下图以Solexa为例,说明整个实验方案。

image.png

Fig 1.双末端(Paired-End)测序原理(from www. Illumina.com

测序深度(Sequencing Depth):
测序得到的碱基总量(bp)与基因组大小(Genome)的比值,
它是评价测序量的指标之一。
测序深度与基因组覆盖度之间是一个正相关的关系,测序带来的错误率或假阳性结果会随着测序深度的提升而下降。
重测序的个体,如果采用的是双末端或Mate-Pair方案,当测序深度在10~15X以上时,基因组覆盖度和测序错误率控制均得以保证。

image.png

相关文章

  • 群体遗传学习笔记-测序技术学习

    重测序技术简介 全基因组重测序(Resequencing)是对已知参考基因组序列的物种进行不同个体间的基因组测序,...

  • 全基因组测序 从头测序(de novo sequencing)

    全基因组测序 全基因组测序分为从头测序(de novo sequencing)和重测序(re-sequencing...

  • 全基因组重测序技术路线

    概述全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。将不同...

  • 5.6 基因检测:在森林里找到一片黄色的树叶

    基因检测分类方法很多,最常见的是按检测范围分为:全基因组测序、靶向重测序。 全基因组测序 是分析基因组的最全面的方...

  • 基因组重测序与转录组联合分析简介

    基因组重测序是挖掘候选基因的重要手段,转录组测序则是研究基因表达量差异的主要方法。通过基因组重测序中的全基因组关联...

  • 如何提高FFPE变异检测质量?

    FFPE测序数据检测变异面临的问题 通过对大量样本进行重测序技术(全基因组、全外显子组、目标区域)以剖析癌症的致病...

  • GATK分析

    从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:第1节 测序技术 从零开始完整学习全基因组测序(WGS)数据分析:...

  • 测序基础介绍-NGS方法小结

    1 测序方法分类 2 基因组测序 2.1 全基因组测序 大型全基因组测序对人类、植物或动物基因组等大型基因组(>5...

  • 科普笔记12:Genome Re-sequencing 基因组重

    全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。 全基因组...

  • 肿瘤生信分析工具

    人全基因组重测序(WGS)是对已有参考基因组的物种进行个体或群体的基因组测序,检测单核苷酸多态性位点(SNV)、插...

网友评论

    本文标题:全基因组重测序技术路线

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/npkgyftx.html