科研绘图模板之韦恩图

韦恩图（Venn Diagram）是一种用于可视化集合之间交集和差异的图形工具。它以圆形的方式展示了不同集合之间的重叠和独立关系，使观察者能够直观地了解元素的分布情况。

韦恩图的基本元素是圆和它们的交叉区域。每个圆代表一个集合，圆的大小表示该集合中元素的数量，而交叉区域表示集合之间的重叠部分，即同时存在于两个或多个集合中的元素。

韦恩图的主要优势在于清晰地展示了不同集合之间的共同和独立的元素，使观察者能够迅速理解数据的交集和差异。它常用于生物学、统计学、逻辑学等领域，用于展示基因、蛋白质、样本等多组数据之间的关系。

维恩图可以使用在线工具 http://www.interactivenn.net/来绘制。R里画维恩图的包有:VennDiagram、VennDetail、ggvenn 等。其中 VennDiagram 使用最广泛，ggvenn 是新出的软件包，使用简单，基于ggplot2。

示例

library(VennDiagram)
library(RColorBrewer)
library(scales)
set1 <- sample(LETTERS, size = 20)
set2 <- sample(LETTERS, size = 20)
set3 <- sample(LETTERS, size = 20)
set4 <- sample(LETTERS, size = 20)
set5 <- sample(LETTERS, size = 20)
set6 <- sample(LETTERS, size = 20)
venn.diagram(
  x = list(set1 = set1, set2 = set2, 
           set3 = set3, set4 = set4),
  filename = '4sets.tiff',
  col = 'black',
  fill = brewer_pal(palette = 'Set2')(4)
)

这段R语言代码使用了VennDiagram和RColorBrewer等包，用于生成一个包含四个集合的韦恩图。以下是对代码的详细解释：

1. 加载所需的R包：

   这里加载了三个R包，分别是VennDiagram（用于绘制韦恩图）、RColorBrewer（用于生成颜色调色板）和scales（用于处理颜色的函数）。

2. 生成样本数据：

   这里创建了六个集合，每个集合包含20个从字母A到Z的随机样本。

3. 绘制韦恩图：

   • x参数指定了要绘制的集合，以列表的形式提供了每个集合的名称和元素。
   • filename参数指定了图形文件的保存路径和名称，这里是一个名为'4sets.tiff'的文件。
   • col参数指定了图形中线条的颜色，这里是黑色。
   • fill参数指定了填充颜色，使用了颜色调色板函数brewer_pal来生成Brewer调色板中'Set2'调色板的四种颜色。

这段代码的目的是创建一个包含四个集合的韦恩图，并将结果保存为一个tiff文件。根据随机生成的样本，图形的具体形状和颜色可能会有所变化。