今天忙里偷闲，自创了一套基于小鼠基因list的富集分析方法，主要原理是将之前用于人的基因富集分析方法搬运到小鼠上，大家可以各抒己见，在下方留言。
那么，开始展示
故事要从一个R包开始说起，在很久很久以前......我们做富集分析时除了人的基因可以直接使用常用的R包（clusterProfiler）其它物种还要自己下载参考数据集，非常费劲，直到它，她，他——msigdbr包的出现，彻底改变了这种僵局，我在简书上写了一篇关于这个包做GSEA的推文,网上最近出现了很多别的类似的介绍这个包的推文；我接下来就用一个小鼠基因list做一下各种GSEA通路的富集分析；
1.准备基因集
library(msigdbr)
library(clusterProfiler)
library(org.Mm.eg.db)
library(DOSE)
rm(list=ls())
setwd("")
gene <- read.table("gene.txt",sep = '\t',check.names = F )
gene_symbols_vector <- as.vector(gene$V1)
class(gene_symbols_vector)#这里必须是向量
2.构建参考基因集
#小鼠所有的基因集
m_df = msigdbr(species = "Mus musculus")
##2.3 查看基因集类别：
a <- m_df %>% dplyr::distinct(gs_cat, gs_subcat) %>% dplyr::arrange(gs_cat, gs_subcat)
View(a)
##2.5 检索鼠类C2 (curated) CGP (chemical and genetic perturbations)基因集：
m_df = msigdbr(species = "Mus musculus", category = "C2" )
##KEGG
m_df = msigdbr(species = "Mus musculus", category = "C2", subcategory = "CP:KEGG")
#C5 GO:BP CC MF HPO
m_df = msigdbr(species = "Mus musculus", category = "C5")
##2.4 检索鼠类的hallmark 基因集：
m_df = msigdbr(species = "Mus musculus", category = "H")
## 免疫相关通路，C7
m_df = msigdbr(species = "Mus musculus", category = "C7")
就说是不是很全乎，应有尽有，再也不用仅限制于GO,KEGG了
3.输出富集分析结果
msigdbr_t2g = m_df %>% dplyr::select(gs_name, gene_symbol) %>% as.data.frame()
#head(gene_symbols_vector)
locol<- enricher(gene = gene_symbols_vector, TERM2GENE = msigdbr_t2g, pvalueCutoff = 0.05,qvalueCutoff = 1)
write.csv(locol,"locol.csv")
下面就可以用这个输出的结果做气泡图，柱状图啦，啦，啦
这里我就不放示例数据了，随便整点小鼠或别的基因集就能测试了，欢迎大家下方留言与我讨论交流。
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